brinmax

Совмещение и совместительство — разница, таблица основных различий

В Конституции РФ, а именно, в ст.37 закреплено право за каждым гражданином РФ распоряжаться личными способностями к труду, а также выбирать и род деятельности, и профессии по своему усмотрению.

Из чего следует, что трудящийся имеет полное право быть задействованным на нескольких предприятиях и выполнять различные виды работ, если его квалификация это позволяет.

Трудящийся может работать и совмещая несколько должностей на одном предприятии, и быть совместителем в другом учреждении.

Правовой статус совместительства

Трудовой кодекс, а именно ст.282 ТК РФ, предусматривает, что каждый труженик имеет право в свободное от основной занятости время заниматься иной трудовой деятельностью на регулярной основе в качестве штатного сотрудника. Он принимается на работу в соответствии с законодательными нормами с изданием приказа о приеме, и заключением договора о сотрудничестве.

В отличие от основного работника, совместитель не может трудиться более 4-х часов в день, который по основному месту является рабочим. А вот в выходные дни допускается занятость в течение всей смены. Но с условием, что ежемесячная норма труда совместителя не будет превышать половину установленной нормальной продолжительности рабочего времени (ст.284 ТК РФ).

Еще одной особенностью совместительства являются ограничения при приеме отдельно взятых сотрудников в качестве совместителей.

Они введены для следующих категорий трудящихся:

Кроме того, для ряда профессий и должностей совместительство регулируется федеральным законами (например, для государственных и муниципальных служащих, сотрудников банков и т.д.).

Трудовой Кодекс РФ вы можете скачать на нашем сайте:

Трудовой кодекс РФ

Внешнее

В соответствии со ст. 282 ТК РФ работник имеет право оформить трудовые отношения по совместительству с неограниченным количеством работодателей с учетом норм ст.284 ТК РФ. Это подразумевает трудоустройство по нескольким должностям на разных предприятиях.

Если сотрудник дополнительно трудоустроился в стороннюю организацию, то подобная занятость будет являться внешним совместительством.

Внутреннее

С учетом приведенных выше норм работник имеет полное право занимать вакантную штатную должность не только на стороннем предприятии, но и на своем, где трудится в качестве основного работника.

Соответственно, подобная занятость является внутренним совместительством.

Различия между типами

Основным различием между внутренним и внешним совместительством является порядок уведомления основного работодателя о дополнительной занятости.

При внутреннем совместительстве руководство предприятия уведомлять не нужно, ведь они итак осведомлены. А вот при внешнем совместительстве ситуация двоякая, так как существует ряд ограничений.

В большинстве случаев работнику дается право самому принимать решение об уведомлении работодателя по основному месту работы, за исключением тех случаев, когда нормами закона не установлено иное.

В частности, педагог при желании устроиться на дополнительную работу не только должен сообщить основному работодателю о предложенной вакантной должности в другом учреждении, но и получить разрешение на совместительство.

Еще одним отличием является порядок внесения записи в трудовую книжку.

При внутреннем совместительстве, как правило, запись вносится работником отдела кадров. А вот при внешнем совместительстве трудящийся сам вправе решать, просить ли ему вносить такую запись или нет. При принятии решения о внесении соответствующей записи придется уведомить основного работодателя, у которого собственно и хранится трудовая книжка.

Правовой статус совмещения должностей (профессий)

Порядок совмещения должностей закреплен в ст. 60.2 ТК РФ. В ней сказано, что работнику может быть поручено выполнение дополнительных обязанностей по другой должности без освобождения от основной деятельности.

То есть дополнительно вмененную работу сотрудник выполняет одновременно с основной в рамках режима рабочего времени, установленного на предприятии, а не после окончания рабочего дня.

При совмещении должностей характер труда работника подразумевает увеличение нагрузки путем расширения зон обслуживания по его основной должности либо дополнительная нагрузку, но уже за счет обязанностей по другой должности, которая по ряду причин может являться вакантной.

Также особенностью совмещения является тот факт, что увеличение объема работы, независимо от того, исполняет ли он сходные обязанности либо обязанности отсутствующего работника, оформляются только лишь приказом по предприятию о дополнительной нагрузке за определенную плату. Но ни трудовой договор, ни приказ о приеме на другую должность не оформляются.

Варианты совмещений

Как правило, совмещение должностей применяется в том случае, если у работника в силу специфики труда есть свободное время в течение трудовой смены, что дает возможность выполнять другие работы.

С целью оптимизации рабочего времени и рационального использования трудовых ресурсов работодатель может привлечь сотрудника с его согласия к выполнению дополнительных обязанностей.

Это могут быть такие схемы:

• параллельно с выполнением основных обязанностей, что предполагает схожую специфику труда и нахождение на одном рабочем месте;
• последовательно, в случае, если основные обязанности отличаются от дополнительных либо подразумевается труд на разных рабочих местах;
• смешанно, что подразумевает применение выше оговоренных схем, чередуя их в зависимости от производственной необходимости.

Также совмещение применяется в следующих случаях:

В чем разница между совмещением и совместительством?

Совмещение и совместительство — в чем разница между ними, учитывая схожесть понятий?

Эти два вида дополнительной занятости кардинально отличаются друг от друга:

• порядком оформления трудовых отношений;
• трудовым процессом;
• предоставляемыми гарантиями;
• прекращением сотрудничества.

Это наглядно отражено в приведенной ниже таблице.

Таблица основных различий

Совместительство	Совмещение
Прием на работу
Заключается трудовой договор, оформляется приказ о приеме на работу, заводится личная карточка, вносится запись в трудовую книжку только по желанию работника	Издается приказ о вменении дополнительных обязанностей без освобождения от основных, запись в трудовую книжку не вносится
Ограничения
Установлены для определенных должностей либо при наличии особых условий труда	Только по медицинским показателям
Документы при найме
документ, подтверждающий личность; документы об образовании; справка об условиях труда по основному месту работы; иные справки в зависимости от характера работы	Не требуются
Особенности заполнения кадровых документов
Работник подает заявление на прием, оформляется приказ о приеме, заключается трудовой договор, заводится личная карточка	Составляется служебная записка о необходимости привлечения работника. Затем издается приказ о расширении зон обслуживания либо о вменении дополнительных обязанностей, составляется дополнительное соглашение к трудовому договору
Испытательный срок
для внешнего совместителя устанавливается; для внутреннего совместителя не устанавливается при условии, что он проработал не менее 3-х месяцев на предприятии.	Не применяется
Время работы
Не более 4 часов в рабочий день. Возможна полная занятость в выходной день по основному месту работы с условием, что общая месячная норма будет составлять не более 50%	В течение рабочего дня наряду с основными обязанностями в соответствии с режимом работы предприятия
Оплата труда
В соответствии с установленным окладом, но пропорционально отработанному времени с учетом всех положенных надбавок и доплат	В процентном соотношении к имеющемуся основному окладу
Отпуска
Положен отпуск полной протяженности в количестве 28 дней.  Предоставляется одновременно с отпуском по основному месту работы	Не предоставляются
Особенности прекращения работы
Увольнение осуществляется либо по желанию работника в соответствии с установленной процедурой, либо по инициативе работодателя в случае, если на должность совместителя приглашен работник, который будет являться основным	По желанию работника, который обязан предупредить за три дня об отказе от дополнительной нагрузке. Либо в случае, если обязанности, которые исполнял работник, были возвращены основному работнику в связи с его выходом либо приемом нового сотрудника

С учетом изложенного, можно сделать вывод, что и совмещение, и совместительство обладают как рядом преимуществ, так и рядом недостатков для обеих сторон трудовых взаимоотношений.

Что выгоднее работнику?

Чтобы понять, что же выгоднее работнику, следует рассмотреть оба варианта дополнительной работы и понять, чем отличаются они друг от друга.

К примеру, порядок оформления работника при совмещении много времени не займет. Он не потребует предоставления основного пакета документов, а также сбора справок из различных организаций. Также при совмещении практически не установлено ограничений.

Единственным препятствием может служить только состояние здоровья работника, которому противопоказаны излишние нагрузки.

А по совместительству установлен ряд ограничений, связанных и с вредными условиями труда и с профессиональной деятельностью.

При совместительстве возможно установление испытательного срока. А при совмещении подобное условие не предусмотрено, так как работодатель уже имеет представление о квалификации работника и его производительности труда.

При совмещении дополнительная работа выполняется вместе с основной в течение рабочего дня, а при совместительстве — только по окончании смены в свободное время.

Исходя из изложенного, можно сделать вывод, что совместительство является более выгодным вариантом.

Но это только на первый взгляд, ведь порядок оформления длиться всего день или два, а вот трудиться работнику придется более длительное время.

Как правило, оклад к каждой должности рассчитывается с учетом оптимальной нагрузки, которая может быть выполнена работником в течение рабочего дня либо смены.

Так:

• При совмещении на работника возлагаются обязанности отсутствующего работника практически в полном объеме. А вот оплата производится в размере не более 50% оклада, а зачастую, в и размере 30% без доплат, надбавок и премий. И это при том, что работник практически работает за двоих в течение одного рабочего дня и получает при этом не более трети от того, что ему реально положено в соответствии с его затратами труда.
• Совместитель занят всего 4 часа в день, но уже после основной работы. При этом он выполняет только половину установленной нормы и получает оклад, установленный для его должности по совместительству со всеми надбавками, но в размере 50%. И совместитель не обязан работать в течение смены за двоих.

Еще одним преимуществом совместительства является предоставление социальных гарантий, то есть ежегодных отпусков и компенсации за период нетрудоспособности. При расширении зон обслуживания для работника они не положены.

Совместитель имеет право на ежегодный отпуск и, соответственно, отпускные по обеим должностям одновременно. А при совмещении дополнительный отпуск не положен. Работник получит отпускные «в одинарном размере».

Более выгоден для совместителя и период нетрудоспособности. Ведь если он проработал на дополнительной работе более двух лет, он может получить оплату периода нетрудоспособности в обеих организациях. А если он занят более чем у двух работодателей, то этот период ему обязаны компенсировать все организации, в которых он задействован.

А вот по совмещению работник получит оплату больничного в установленном законом порядке, то есть в размере своего среднего заработка, и не более.

Что выгоднее работодателю?

Из приведенных выше фактов видно, что в денежном выражении работодателю выгоднее все же оформлять с основным работников совмещение.

К тому же, руководство предприятия уже знакомо с сотрудником и имеет сложившееся мнение о личности работника и его трудовых качествах. Нерадивому работнику дополнительные обязанности, с которыми он не справится, не поручат.

Выгодно для работодателя и совместительство, особенно если его компания находится в состоянии финансового кризиса.

Нанять работников, которые будут заняты всего наполовину выгоднее, чем оплачивать основным работникам период простоя либо переводить их на сокращенный рабочий день.

К тому же, работодатель при сотрудничестве с совместителями выплачивает государству налоги в меньшем размере. Это соответственно сокращает его затраты по многим факторам.

И, тем не менее, и работнику и работодателю при выборе между совместительством и совмещением лучше всего исходить из имеющихся обстоятельств и получения выгоды. В каждом из вариантов дополнительной занятости есть свои преимущества.

Внимание!

• В связи с частыми изменениями в законодательстве информация порой устаревает быстрее, чем мы успеваем ее обновлять на сайте.
• Все случаи очень индивидуальны и зависят от множества факторов. Базовая информация не гарантирует решение именно Ваших проблем.

Поэтому для вас круглосуточно работают БЕСПЛАТНЫЕ эксперты-консультанты!

1. Задайте вопрос через форму (внизу), либо через онлайн-чат
2. Позвоните на горячую линию:

ЗАЯВКИ И ЗВОНКИ ПРИНИМАЮТСЯ КРУГЛОСУТОЧНО и БЕЗ ВЫХОДНЫХ ДНЕЙ.

Может ли гражданин работать по основному месту работы 40 часов в неделю и по совместительству 20 часов в неделю одновременно?

Консультация предоставлена 11. 02.2020 г.

Может ли гражданин работать по основному месту работы 40 часов в неделю и по совместительству (по должности специалиста по охране труда) 20 часов в неделю одновременно? Не будет ли это считаться переработкой? Как установить режим рабочего времени совместителю?

Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:

Если работник не относится к категориям работников, которым законом установлена сокращенная продолжительность рабочего времени, то трудовым договором по основному месту работы может быть установлена 40-часовая рабочая неделя, а по совместительству (в том числе по должности специалиста по охране труда) 20-часовая.

Законом не установлены ограничения на совместительство (как внутреннее, так и внешнее) по должности специалиста по охране труда.

Стороны трудового договора, в зависимости от потребности работодателя в выполнении работником работы в то или иное время в течение дня, самостоятельно устанавливают время начала и окончания рабочего дня совместителя, которое может совпадать (частично или полностью) с временем начала и окончания работы других сотрудников, работающих в организации, а может и не совпадать.

Обоснование вывода:

Совместительством признается выполнение работы по отдельному трудовому договору в свободное от основной работы время (часть первая ст. 282 ТК РФ). Работа по совместительству может выполняться работником как по месту его основной работы (внутреннее совместительство), так и у других работодателей (внешнее совместительство) (часть первая ст. 60.1, часть третья ст. 282 ТК РФ).

Ограничения на заключение трудовых договоров по совместительству установлены только для некоторых категорий работников*(1). Ни Трудовой кодекс РФ, ни иные федеральные законы не содержат ограничений на работу по совместительству (как внутреннему, так и внешнему) по должности специалиста по охране труда*(2).

Согласно ст. 91 ТК РФ нормальная продолжительность рабочего времени не может превышать 40 часов в неделю (продолжительность ежедневной работы восемь часов при пятидневной рабочей неделе). Для некоторых категорий работников Трудовым кодексом РФ предусмотрена сокращенная продолжительность рабочего времени (ст. 92 ТК РФ).

При этом положениями ст. 284 ТК РФ установлены определенные ограничения, связанные с продолжительностью рабочего времени для совместителя. Так, согласно части первой указанной статьи продолжительность рабочего времени совместителя не должна превышать четырех часов в день. В дни, когда по основному месту работы работник свободен от исполнения трудовых обязанностей, он может работать по совместительству полный рабочий день (смену). При этом в течение месяца (другого учетного периода) продолжительность рабочего времени совместителя не должна превышать половины месячной нормы рабочего времени (нормы рабочего времени за другой учетный период), установленной для соответствующей категории работников. Соответственно, для совместителей продолжительность рабочей недели не должна превышать 20 часов*(3).

Таким образом, если работник не относится к категориям работников, которым законом установлена сокращенная продолжительность рабочего времени, то трудовым договором по основному месту работы может быть установлена 40-часовая рабочая неделя, а по совместительству (в том числе по должности специалиста по охране труда) 20-часовая.

Прием на работу по совместительству оформляется в общем порядке. С совместителем заключается трудовой договор в письменной форме (ст. 67, ст. 282 ТК РФ). Его содержание должно отвечать всем требованиям ст. 57 ТК РФ. В трудовом договоре с совместителем обязательно указание на то, что работа является совместительством (часть четвертая ст. 282 ТК РФ). Кроме того, поскольку режим рабочего времени и времени отдыха совместителя отличается от общих правил, действующих у данного работодателя, условие о таком режиме должно быть обязательно включено в трудовой договор (часть вторая ст. 57 ТК РФ).

Режим рабочего времени совместителя должен предусматривать, в частности, продолжительность рабочей недели (пятидневная с двумя выходными днями, шестидневная с одним выходным днем, рабочая неделя с предоставлением выходных дней по скользящему графику, неполная рабочая неделя), продолжительность ежедневной работы (смены), время начала и окончания работы, время перерывов в работе, чередование рабочих и нерабочих дней (ст. 100 ТК РФ).

Работник обязан являться на работу в соответствии с установленным ему режимом рабочего времени.

Отметим, что трудовое законодательство не возлагает на работодателя обязанность проверять, совпадают ли часы работы его работника по совместительству с часами его работы по основному месту работы.

Очевидно, что работник не может в одно и то же время присутствовать и на основном месте работы, и на работе по совместительству у другого работодателя. Поэтому при заключении трудового договора о работе по совместительству работнику, знающему свой рабочий график по основному месту работы, надлежит согласовать время начала и окончания работы с работодателем по совместительству таким образом, чтобы он мог беспрепятственно выполнять свои трудовые обязанности*(4).

Если в последующем режим работы совместителя по основному месту работы изменится, он может обратиться к работодателю на работе по совместительству с просьбой скорректировать график работы с учетом этих изменений, поскольку это в интересах работника, ведь от этого зависит дальнейшая возможность работать по совместительству.

Таким образом, стороны трудового договора, в зависимости от потребности работодателя в выполнении работником работы в то или иное время в течение дня, самостоятельно устанавливают время начала и окончания рабочего дня совместителя, которое может совпадать (частично или полностью) с временем начала и окончания работы других сотрудников, работающих в организации, а может и не совпадать.

Ответ подготовил:

Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ

Миллер Оксана

Контроль качества ответа:

Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ

Воронова Елена

*(1) Смотрите Энциклопедию решений. Ограничения на работу по совместительству.

*(2) Отметим, раньше ст. 98 ТК РФ внутреннее совместительство допускалось только по иной профессии, специальности или должности. В 2006 году эта норма утратила силу. Соответственно, в настоящее время при внутреннем совместительстве, как и при внешнем, трудовая функция, указанная в трудовом договоре о работе по совместительству, может совпадать с основной трудовой функцией (смотрите также письма Роструда от 21. 04.2011 N 1048-6-1 и от 18.06.2012 N 873-6-1). При этом выполнять одну и ту же работу по нескольким трудовым договорам с одним работодателем работник может, если штатным расписанием предусмотрено соответствующее количество штатных единиц (полных и неполных) по должности (профессии, специальности). Например, чтобы работать по должности на 1,5 ставки, нужно, чтобы в штатном расписании были эти 1,5 ставки.

*(3) Смотрите также следующие материалы:

— Энциклопедия решений. Рабочее время совместителя;

— Энциклопедия решений. Общая продолжительность работы по нескольким договорам о совместительстве.

*(4) Смотрите, например, Вопрос: Исходя из определения, данного в ст. 282 ТК РФ, совместительство — это выполнение работником другой регулярной оплачиваемой работы на условиях трудового договора в свободное от основной работы время. Вправе ли и каким образом учреждение оформить работника на условиях внешнего совместительства, который будет привлекаться для работы в зависимости от наличия заказов по гибкому графику? (журнал «Разъяснения органов исполнительной власти по ведению финансово-хозяйственной деятельности в бюджетной сфере», N 6, ноябрь-декабрь 2017 г. )

Все юридические консультации

На какую ставку может быть принят сотрудник на работе по внешнему совместительству, если по основному месту работы он трудится на 0,5 ставки?

Совместитель не может по одному трудовому договору работать на 0,75 ставки. При этом закон не запрещает работнику заключить несколько трудовых договоров по совместительству (в том числе с одним и тем же работодателем) при условии, что по каждому из них работник будет работать не более чем на 0,5 ставки.

В соответствии со ст. 60.1 ТК РФ работник имеет право заключать трудовые договоры о выполнении в свободное от основной работы время другой регулярной оплачиваемой работы у того же работодателя (внутреннее совместительство) и (или) у другого работодателя (внешнее совместительство).

При рассмотрении вопроса о заключении трудового договора как с внутренним, так и с внешним совместителем работодатель должен учитывать нормы гл. 44 ТК РФ, регулирующие особенности труда совместителей.

В частности, работодателю необходимо соблюсти положения ст. 284 ТК РФ, ограничивающие продолжительность рабочего времени при работе по совместительству. Согласно этой норме продолжительность рабочего времени при работе по совместительству не должна превышать четырех часов в день. В дни, когда по основному месту работы работник свободен от исполнения трудовых обязанностей, он может работать по сов­местительству полный рабочий день (смену). В течение одного месяца (другого учетного периода) продолжительность рабочего времени при работе по совместительству не должна превышать половины месячной нормы рабочего времени (нормы рабочего времени за другой учетный период), установленной для соответствующей категории работников.

Заметим, что данное правило является общим для всех совместителей вне зависимости от того, на каких условиях они работают по основной работе. Ограничения продолжительности рабочего времени при работе по совместительству, установленные ст. 284 ТК РФ, не применяются только в случаях, когда по основному месту работы работник приостановил работу в соответствии с ч. 2 ст. 142 ТК РФ или отстранен от работы в соответствии с ч. 2 или 4 ст. 73 ТК РФ.

При определении нормы рабочего времени следует руководствоваться ст. 91 ТК РФ, согласно которой нормальная продолжительность рабочего времени не может превышать 40 часов в неделю (продолжительность ежедневной работы 8 часов при 5-дневной рабочей неделе). Соответственно, для совместителей продолжительность рабочей недели не должна превышать 20 часов.

Таким образом, работая на условиях совместительства, работник не может занимать в организации полную ставку (штатную единицу), даже если по основному месту работы он трудится на 0,5 ставки.

Отметим, что по смыслу трудового законодательства работник может заключить только один трудовой договор по основному месту работы, однако предельно допустимое количество одновременно действующих трудовых договоров о работе на условиях совместительства законом не ограничивается (ч. 2 ст. 282 ТК РФ). Запрета на заключение нескольких трудовых договоров на условиях совместительства (как внутреннего, так и внешнего) не установлено.

Как указывают суды, предусмотренная Трудовым кодексом возможность заключения работником нескольких трудовых договоров на работу по совместительству свидетельствует о его праве самостоятельно распоряжаться своим временем, определять продолжительность как рабочего времени в зависимости от количества и условий заключенных трудовых договоров, так и времени на отдых (смотрите, например, постановления ФАС Северо-Западного округа от 06.08.2009 по делу № А13-11107/2008, Двенадцатого арбитражного апелляционного суда от 12.12.2013 № 12АП-10991/13, Федерального арбитражного суда Северо-Кавказского округа от 08.04.2014 № Ф08-1524/14 по делу № А20-2704/2013).

Таким образом, работники имеют право заключить несколько трудовых договоров о работе на условиях совместительства, как у своего, так и у других работодателей. При этом всегда должны соблюдаться ограничения продолжительности рабочего времени при работе по совместительству, установленные ч. 1 ст. 284 ТК РФ.

К сожалению, закон не позволяет однозначно определить, эти ограничения должны соблюдаться в рамках каждого договора о совместительстве, по всем таким договорам с одним работодателем либо же в целом по всем договорам о внешнем и внутреннем совместительстве.

Исходя из определения совместительства, приведенного в ст. 282 ТК РФ, совместительством признается работа по каждому трудовому договору в свободное от основной работы время. На наш взгляд, это означает, что ограничения продолжительности рабочего времени, установленные ч. 1 ст. 284 ТК РФ, должны применяться отдельно к каждому трудовому договору по совместительству, а не ко всем заключенным работником трудовым договорам о совместительстве в совокупности. Иными словами, совместитель не может работать по одному договору, например по 6 часов каждый день, но может заключить два договора на работу в течение 4 часов и 2 часов в день соответственно.

Поскольку трудовое законодательство не содержит норм, прямо подтверждающих или опровергающих такой вывод, толкование ч. 1 ст. 284 ТК РФ может быть и иным. Однако в судебной практике отсутствуют примеры, когда рассматривался бы вопрос о правомерности привлечения работодателя к административной ответственности за использование труда совместителя с превышением предела рабочего времени в сумме по нескольким договорам.

Таким образом, по нашему мнению, закон не запрещает работнику заключить несколько трудовых договоров по совместительству (в том числе с одним и тем же работодателем) при условии, что по каждому из них работник будет работать не более чем на 0,5 ставки. Поэтому в случае, если у работодателя имеется потребность в работе сотрудника-совместителя более чем на половину ставки, ему следует заключить с ним дополнительно еще один или несколько трудовых договоров (также по совместительству), каждый не более чем на 0,5 ставки.

Также имейте в виду, что наличие у работника нескольких трудовых договоров о работе по совместительству в течение времени, превышающего по сумме лимит, установленный ст. 284 ТК РФ, является объектом пристального внимания со стороны ФСС России. Представители фонда часто квалифицируют такое положение дел как создание искусственной ситуации для получения средств на выплату пособия этому работнику в завышенном размере. Суды, как правило, признают, что само по себе существование нескольких трудовых договоров о работе по совместительству, продолжительность рабочего времени по каждому из которых не превышает 4 часов в день, соответствует требованиям ст. 284 ТК РФ. В то же время это обстоятельство в совокупности с другими факторами может свидетельствовать о недобросовестности работодателя как страхователя. Когда доказано, что совместительство существовало только на бумаге, фактически работа по трудовому договору не выполнялась либо не могла выполняться, потому что совокупное рабочее время превышало разумный предел, отсутствовала физическая возможность выполнить объем работы по всем договорам, суд встает на сторону представителей соцстраха. Смотрите, например, постановления Президиума ВАС РФ от 19. 07.2011 № 282/11, ФАС Западно-Сибирского округа от 27.03.2012 № Ф04-1045/12; ФАС Волго-Вятского округа от 05.05.2012 № Ф01-864/12; ФАС Уральского округа от 03.05.2011 № Ф09-1456/11; ФАС Северо-Кавказского округа от 12.07.2010 № по делу А63-4964/2009 (определением Высшего Арбитражного Суда РФ от 31.08.2010 № ВАС-11792/10 отказано в передаче дела в Президиум ВАС РФ для пересмотра в порядке надзора) и пр.

Синергия качества внутренних услуг и удовлетворенности работой для повышения производительности: некоторые данные из среды B2B

Основная документация T-Coffee — версия T-Coffee_13.45.33.7d7e789 документация

Белковые последовательности

Общие положения

T-Coffee по умолчанию распараллелен, что означает, что он может использовать несколько ядер при работе в кластере или компьютере. По умолчанию T-Coffee будет использовать для работы все доступные процессоры, но вы можете распараллелить разные шаги и выделить необходимое количество ядер с помощью флага -multi_core или n_core . Для получения дополнительных сведений см. Главу Техническая документация T-Coffee , подраздел Управление процессором .

 Использование одного ядра:
$$: t_coffee -in sample_seq1.fasta -multi_core = msa

Используя 12 ядер:
$$: t_coffee -in sample_seq1.fasta -n_core = 12
 

Кроме того, при запуске T-Coffee он отображает много информации непосредственно на экране при запуске из общей информации, параметров, результатов, предупреждений … если вы хотите, вы можете уменьшить отображение, используя -no_warning , чтобы удалить все предупреждения, или еще более строго, используя -quiet , удаляя любой дисплей во время работы T-Coffee.

Вычисление простого MSA (по умолчанию T-Coffee)

T-Coffee просто вычислит выравнивание множественных последовательностей последовательностей, которые вы указали во входных данных (команда 1). Он отобразит окончательный MSA на экране и в нескольких файлах в соответствии с форматом, который вы задали с помощью команды 2 (по умолчанию MSA хранится в файле .aln в формате ClustalW). Заголовок файла согласования содержит важную информацию, такую ​​как используемая версия T-Coffee, время ЦП, общая оценка согласованности (нормализованная до 100 или 1000 в зависимости от версии T-Coffee) и общая длина MSA: Быстро взглянуть на результат довольно практично.

 Команда 1: MSA по умолчанию
$$: t_coffee proteases_small.fasta

Команда 2: MSA по умолчанию, несколько файлов вывода
$$: t_coffee proteases_small.fasta -output = clustalw, fasta_aln, msf
 

Каждый раз, когда вы запускаете T-Coffee, всегда генерируется 3 файла:

• proteases_small.aln : выравнивание в формате ClustalW
• proteases_small.dnd : дерево направляющих в формате Newick
• proteases_small.html : цветной MSA в формате html

Предупреждение

Направляющее дерево не является филогенетическим деревом, оно используется в процессе выравнивания для кластеризации последовательностей.

Подсказка

Вы можете визуализировать цветной html-файл с помощью любого браузера / программного обеспечения, которое вы предпочитаете. Отображение последовательностей должно быть выровнено и отформатировано; в противном случае используйте другой браузер, он хорошо работает с Firefox, Safari и т. д.. Если вам нужно внести более сложные изменения в MSA, мы рекомендуем использовать Jalview, который включает цветовую схему T-Coffee.

Выравнивание нескольких наборов данных / Объединение нескольких MSA

Если ваши последовательности распределены по нескольким наборам данных, вы можете передать все нужные файлы (ограничение — 200) с помощью флага -seq и в любом формате.Просто знайте, что 1) если вы дадите выравнивание, пробелы будут сброшены, и ваше выравнивание предоставит только последовательности, 2) последовательности с одинаковым именем в двух файлах считаются одной и той же последовательностью, 3) если их последовательности различаются, они будут выровнены и заменены консенсусом этого выравнивания (процесс, известный как согласование последовательностей). Чтобы выровнять несколько наборов данных:

 $$: t_coffee -seq = proteases1_small.fasta, proteases2_small.aln -output = clustalw, fasta_aln, msf
 

У вас также может быть набор выравниваний (с одинаковыми последовательностями), которые вы предварительно вычислили, собрали вручную или получили от коллеги.Вы также можете комбинировать эти выравнивания. Например, представим, что мы сгенерировали 4 выравнивания с ClustalW, используя разные штрафы за пропуски. Чтобы объединить их в ОДНО единственное выравнивание, используйте флаг -aln . Окончательная оценка указывает на высокий уровень согласованности (91%) между всеми этими СУО, что означает, что окончательный СУО, вероятно, правильный.

 Ваши 4 разных MSA:
##: clustalw -infile = proteases_small.fasta -gapopen = 0 -outfile = g0.aln
##: clustalw -infile = proteases_small.fasta -gapopen = -5 -outfile = g5.aln
##: clustalw -infile = proteases_small.fasta -gapopen = -10 -outfile = g10.aln
##: clustalw -infile = proteases_small. fasta -gapopen = -15 -outfile = g15.aln

Объединение нескольких MSA:
$$: t_coffee proteases_small.fasta -aln g0.aln g5.aln g10.aln g15.aln -output = clustalw, html
 

Оценка разнообразия вашего мировоззрения

Уровень разнообразия в вашем MSA легко измерить с помощью опции -output из seq_reformat , она выведет все попарные идентификаторы, а также средний уровень идентичности между каждой последовательностью и другими.Имеются две возможности, учитывая, являются ли ваши входные данные невыровненными последовательностями или нет: -output sim_idscore перестраивает ваши последовательности попарно, чтобы он мог одинаково принимать невыровненные или выровненные последовательности; -output sim вычисляет идентичность, используя последовательности, как они есть во входном файле, поэтому он подходит только для MSA. Вы можете после перенаправления, сортировки и grep вывода, чтобы выбрать интересующие вас последовательности.

 $$: t_coffee -other_pg seq_reformat -in sample_seq1.aln -output sim
 

Сравнение альтернативных совмещений

Если вы измените параметры, вы получите альтернативные выравнивания. Может быть интересно сравнить их количественно. T-Coffee поставляется с модулем сравнения выравнивания под названием aln_compare . Вы можете использовать его, чтобы оценить величину разницы между вашими двумя выравниваниями, используя оценку суммы пар или оценку столбца с помощью флага -compare_mode (sp или column). По умолчанию aln_compare возвращает оценку SoP:

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b80.aln -al2 b30.aln -compare_mode sp
 

Это сравнение даст следующий результат:

 *********************************************** ****
seq1 seq2 Sim [ALL] Tot
b80 19 33,6 94,2 [100,0] [79686]
 

Интерпретация этого вывода следующая: b80 — эталонный MSA, он содержит 19 последовательностей со средней идентичностью 33,6% и на 94,2% идентичен второму MSA b30. aln (79686 пар, если быть точным).Конечно, это не говорит вам, где находятся хорошие биты, но вы можете получить эту информацию, например, что остатки, которые потеряли более 50% своего партнера по спариванию между двумя выравниваниями, находятся в нижнем регистре (команда 1) или преобразованы в любой желаемый персонаж (команда 2). Оценка sp определяется как количество выровненных пар остатков (т. Е. Не пробелов), которые являются общими между эталоном (-al1) и тестом (-al2), деленное на общее количество пар в эталоне без учета пробелов.

Доступны и другие режимы сравнения, включая оценку TC

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b80.aln -al2 b30.aln -compare_mode tc
 

Оценка tc определяется как количество столбцов в тесте MSA (-al2), которые являются общими между эталоном и тестом, деленное на общее количество столбцов в эталоне. Эта мера, изначально представленная в Balibase, может быть проблематичной, поскольку она обрабатывает одинаково сильно и редко заполненные столбцы. По этой причине

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b80.aln -al2 b30.aln -compare_mode column
 

Оценка столбца определяется как общее количество пар, встречающихся в столбцах, полностью идентичных между эталоном (-al1) и тестом (-al2), деленное на общее количество пар в эталоне (без учета пробелов).Это делает оценку столбца эквивалентом взвешенной оценки TC.

Также можно распечатать сохраненные позиции между MSA, используя следующие команды.

 Команда 1:
$$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b30.aln -al2 p350.aln -output_aln \
    -output_aln_threshold 50

Команда 2:
$$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b30.aln -al2 p350.aln -output_aln \
    -output_aln_threshold 50 -output_aln_modif x
 

Примечание

Важно принять во внимание, что сравнение между -al1 и -al2 несимметрично.Он возвращает долю пар остатков -al1 — по индексу — которые восстанавливаются в -al2. Если -al1 является опорным выравниванием, это число является более или менее эквивалентом меры чувствительности (т. е. сколько истинных положительных результатов восстанавливается). Если -al1 — это выравнивание мишени, эта мера становится эквивалентом меры специфичности (т.е. какова доля пар остатков в цели, которые являются частью ссылки).

Подсказка

aln_compare особенно интересен, если вы изменяете параметры T-Coffee по умолчанию и хотите отслеживать эффекты ваших изменений.

Сравнение подмножеств альтернативных выравниваний

Также возможно ограничить сравнение конкретным подмножеством остатков в рамках целевого выравнивания (например, остатками ядра при использовании структурной ссылки или каталитическими остатками при использовании выравнивания по функциональной аннотации). Для этого требуется кеш, в котором остатки аннотируются как часть ядра или нет. Кеш — это простой текстовый файл ascii, который можно создать любым удобным для вас способом. Ниже мы покажем, как создать кэш на основе показателя согласованности и как использовать этот кеш для дальнейших сравнений.

 $$: t_coffee b11.fa -output aln score_ascii
 

Эта команда генерирует два выходных файла

• b11.aln : выравнивание в формате ClustalW
• b11.score_ascii : оценка локальной надежности с каждым остатком, имеющим оценку от 0 до 9

Затем целевой файл необходимо переформатировать, чтобы решить, какие остатки будут частью оценки (c => core), а какие будут проигнорированы. В этом примере мы установим пороговое значение 7, что означает, что при сравнении будут игнорироваться все остатки, которые не имеют 70% или более поддержки из библиотеки T-Coffee:

 $$: t_coffee -other_pg seq_reformat -in b11.score_ascii -input number_aln -action + convert 0123456i 789c -output fasta_seq> b11.cache
 

Затем можно создать целевой файл другим методом

 $$: t_coffee b11.fa -method mafft_pair -outfile b11.tcmafft
 

Затем с помощью кеша можно сравнить исходное выравнивание (b11. aln), учитывая только пары остатков ядра

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b11.aln -al2 b11.tcmafft -st b11.cache pep -io_cat '[c] [c] = [core]'
 

Это сравнение даст следующий результат:

::

seq1 seq2 Sim [core] Tot Ь11 11 32.8 99,5 [63,6] [26044]

Результат можно интерпретировать следующим образом: остатки ядра, определенные как пары c-c, составляют 63,6% выравнивания -al1. 93,5% этих пар восстанавливаются при выравнивании -al2. Обратите внимание, что -io_cat позволяет объявить столько категорий и комбинаций категорий, сколько нужно. Например:

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b11.aln -al2 b11.tcmafft -st b11.cache pep \
     -io_cat '[c] [c] = [core]; [c] [i] = [смешанный]; [ci] [ci] = [all1]; [*] [*] = [all2] »
 

Изменение параметров T-Coffee по умолчанию

Примечание

Основные параметры T-Coffee аналогичны параметрам ClustalW, включая матрицу замен и некоторые штрафы за пробелы. В общем, значения по умолчанию T-Coffee вполне достаточно. Однако, если вас не устраивают параметры по умолчанию, мы рекомендуем вам изменить следующие параметры. Интересно, что большая часть того, что мы здесь говорим, достаточно хорошо подходит для ClustalW.

Сможете угадать оптимальные параметры?

Вот еще один каверзный вопрос… и общий ответ — НЕТ. Матрица и штрафы за пробелы — это упрощенные попытки моделирования эволюции. Хотя матрицы выполняют разумную работу, штрафы просто неуместны: они должны иметь значение, зависящее от структуры белка, и единообразное значение не может быть достаточно хорошим.Тем не менее, поскольку у нас нет лучшего, мы должны их использовать … На практике это означает, что оптимальность параметров — это вопрос ad hoc . Он будет меняться от одного набора данных к другому, и нет простого способа предсказать, какая матрица и какой штраф будет лучше. Проблема также в том, что даже после того, как ваше выравнивание было вычислено, не всегда легко определить, улучшили ли ваши новые параметры ваш MSA или ухудшили его.

Нет систематического способа оценки MSA. В общем, люди визуально оценивают выравнивание, подсчитывают количество идентичных столбцов и считают, что еще один сохраненный столбец — хорошая новость.Если вам повезет, вы можете знать несколько функциональных функций, которые вы ожидаете увидеть согласованными. Если вам очень повезет, у вас будет одна конструкция и вы сможете проверять попадание зазоров в петли. Если вам очень повезет, у вас будет две структуры, и вы сможете оценить качество своего MSA. Преимуществом T-Coffee является тот факт, что общий балл согласования (то есть согласованность с библиотекой) коррелирует с общей точностью. Другими словами, если ваш счет выравнивания увеличивается, его точность, вероятно, также увеличивается.При этом согласованность — это просто эмпирический способ оценки изменения параметров, и он не имеет предсказательной силы, присущей BLAST E-Value.

Изменение матрицы замещения

T-Coffee использует матрицу замещения только для попарного выравнивания, которое попадает в библиотеку. Это все глобальные сопоставления каждой возможной пары последовательностей и десять лучших локальных сопоставлений, связанных с каждой парой последовательностей.

• По умолчанию, эти выравнивания вычисляются с использованием матрицы Blosum62, но вместо нее вы можете использовать любую матрицу, которая вам нравится, включая: pam120mt, pam160mt, pam250mt, pam350mt, blosum30mt, blosum40mt, blosum45mt, blosum50mt, blosum80mt, blosum55mt или blosum55 предоставленные пользователем матрицы в формате BLAST (см. техническую документацию T-Coffee ).
Матрицы
• PAM: Эти матрицы предположительно менее точны, чем Blosum. Индекс коррелирует с эволюционными расстояниями, поэтому вам следует использовать pam350mt для выравнивания очень отдаленно связанных последовательностей.
• Матрицы Blosum: Эти матрицы якобы являются наиболее точными. Индекс коррелирует с максимальным процентом идентичности в последовательностях, используемых для оценки матрицы. Поэтому вам следует использовать blosum30mt для выравнивания очень отдаленно связанных последовательностей. Матрицы Blosum смещены в сторону ядерных областей белка, что объясняет, почему эти матрицы имеют тенденцию давать лучшее выравнивание, поскольку по своей конструкции они могут захватывать наиболее устойчивый к эволюции сигнал, содержащийся в белках.

Если у вас нет доступной структурной информации, единственный способ определить, улучшилось ли ваше выравнивание, — это посмотреть на результат. Например, если вы вычислите два следующих выравнивания:

 $$: t_coffee proteases_small.fasta -matrix = blosum30mt -outfile = b30.aln
$$: t_coffee proteases_small.fasta -matrix = blosum80mt -outfile = b80.aln
 

Вы получите два мировоззрения с примерно одинаковым количеством очков, но немного разными. Вы по-прежнему можете использовать эти два альтернативных выравнивания, сравнивая их, чтобы идентифицировать области, которые были одинаково выровнены двумя матрицами. Эти регионы обычно более надежны.

Изменение штрафа за разрыв

Важно

Штрафы за пробелы — суть дела, когда дело доходит до MSA. Интересной особенностью T-Coffee является то, что ему не нужны такие штрафы при сборке MSA, потому что теоретически штрафы уже были применены при вычислении библиотеки. Это теория, поскольку на практике штрафы могут помочь улучшить качество согласования.

Штрафы могут быть изменены с помощью флагов -gapopen для штрафа за открытие промежутка и с помощью -gapext для штрафа за расширение промежутка.Диапазон для gapopen — [-500, -5000], диапазон для расширения должен быть [-1, -10]. Эти значения относятся не к матрице замещения, а скорее к диапазону значений оценки согласованности (т. Е. Отношения), нормализованному до 10000 для максимальной согласованности. Значения по умолчанию: -gapopen = -50, -gapext = 0 . Причины этих очень низких значений в том, что они предназначены только для косметических целей, поскольку товарный знак T-Coffee (унаследованный от Dialign) не требует явных штрафов. Тем не менее, мы точно знаем, что согласование с более высокими штрафами за пропуск часто выглядит лучше (для публикаций), а иногда и более точным. Например, вы можете попробовать:

 $$: t_coffee proteases_small.fasta -gapopen -100 -gapext -5
 

Этот штраф за пробелы применяется только на уровне выравнивания (т.е. после того, как библиотека была вычислена). Если вы хотите изменить штрафы за пробелы в методах, используемых для построения библиотеки, вам нужно будет пойти глубже… По умолчанию для построения библиотеки используются два метода (команда 1).Один выполняет глобальное попарное выравнивание и называется slow_pair, другой — lalign_id_pair и производит локальное выравнивание. Эти методы указываются с помощью флага -method . Обычно вам не нужно писать его, потому что это значение по умолчанию, но если вы хотите изменить параметры по умолчанию для составляющих методов (команда 2), вам нужно будет сделать это явно (параметры по умолчанию для lalign_id_pair GOP = — 10, GEP = -4, MATRIX = blosum50mt и для slow_pair GOP = -10, GEP = -1 и MATRIX = blosum62mt . Используя команду 2, библиотека теперь вычисляется с использованием Blosum62mt с lalign, а не Blosum50mt; Хорошая новость заключается в том, что при использовании этой матрицы оценка нашего выравнивания увеличивается с 48 до 50. Таким образом, мы предполагаем, что это новое выравнивание более точное, чем предыдущее.

 Команда 1: по умолчанию T-Coffee
$$: t_coffee proteases_small.fasta -method = lalign_id_pair, slow_pair

Команда 2: изменение параметров
$$: t_coffee proteases_small.fasta -method lalign_id_pair @ EP @ MATRIX @ blosum62mt, \
    slow_pair -outfile proteases_small.b62_aln
 

Предупреждение

Имеет смысл сравнивать оценку согласованности альтернативных выравниваний, только если эти выравнивания были вычислены с использованием одних и тех же методов (например, lalign_id_pair и slow_pair).

Белковые последовательности с использованием 2D и / или 3D информации

Использование структурной информации при выравнивании последовательностей очень полезно. Причина в том, что структуры расходятся медленнее, чем последовательности. Как следствие, все еще можно найти заметную гомологию между двумя последовательностями, которые расходились в течение долгого времени до неузнаваемости, используя их соответствующую структуру.Тем не менее, при сборке MSA на основе структуры вы поймете, что эти последовательности содержат ключевые консервативные остатки, которые не удалось выявить с помощью простой процедуры выравнивания. В этом разделе мы покажем вам, как наилучшим образом использовать инструменты T-Coffee для включения структурной информации в ваше выравнивание.

Использование трехмерных структур: Expresso / 3D-Coffee

Требования для запуска Expresso / 3D-Coffee

Expresso требует BLAST, который вы предоставляете с тегом -blast , а также требует наличия базы данных PDB, которую вы можете указать с помощью флага -pdb_db .Хорошая новость заключается в том, что локальная установка BLAST или PDB не является обязательной, так как T-Coffee может автоматически получать структуры непосредственно из RCSB (домашняя база PDB) с помощью веб-службы EBI BLAST.

Как работает Expresso / 3D-Coffee?

Expresso / 3D-Coffee, вероятно, одно из самых важных улучшений T-Coffee. Принцип прост: 1) сначала он запускает BLAST для каждой последовательности в вашем наборе данных по отношению к PDB и находит (или нет) структуру, аналогичную по последовательности (по умолчанию идентичность 35%), которая будет использоваться в качестве шаблона для структурного выравнивания вашей последовательности. , 2) соответствие между последовательностями запросов и шаблонами сохраняется в файле шаблона, который автоматически создается Expresso.В этом заключается разница между 3D-Coffee и Expresso: при запуске Expresso получение структур и создание файла шаблона автоматизируются (так что вы можете повторно использовать его для других приложений), тогда как использование 3D-Coffee немного сложнее, поскольку требует имени последовательности должны соответствовать имени файла структуры (и он ничего не извлекает и не создает для вас). Конечно, вы можете создать и использовать свой собственный шаблон с тегом -template_file в том же формате, что и здесь. В конце, когда имеется достаточно шаблонов (очевидно, минимум два), он будет выравнивать последовательности, используя структурную информацию, в противном случае последовательности будут выровнены с использованием стандартного выравнивателя T-Coffee.Конечно, если ваш набор данных содержит только структуры, ваше выравнивание становится структурным выравниванием.

> SP | P08246 | ELNE_HUMAN _P_ 1PPGE
> SP | P20160 | CAP7_HUMAN _P_ 1AE5
...
 

Подсказка

Файлы PDB, используемые в качестве шаблона, должны находиться в текущем каталоге, в противном случае вы должны указать в файле шаблона полный путь, чтобы найти ваши шаблоны.

Запуск Expresso / 3D-Coffee

И Expresso (команда 1), и 3D-Coffee (команда 2) — это режимы T-Coffee, которые вы можете вызывать с флагом -mode ; соответствуют предустановленной конфигурации с параметрами по умолчанию.Выбор шаблона обозначается флагом -template_file , за которым следует либо PDB (означает, что BLAST будет работать удаленно на PDB), либо _SELF_P_ (означает, что идентификатор PDB — это имя последовательности, поэтому нет необходимости запустите BLAST) или файл шаблона по вашему выбору. Как вы можете видеть в командах 1 и 2, SAP (sap_pair) является структурным выравнивателем по умолчанию, но вы можете выбрать альтернативные установленные выравниватели. Вы можете указать любую комбинацию методов с флагом -method , но по крайней мере один должен быть структурным выравнивателем (команда 3).Вы также можете указать локальные установки BLAST и PDB (команда 4) , что настоятельно рекомендуется, если вам нужны воспроизводимые результаты .

 Команда 1: два способа запуска Expresso
$$: t_coffee three_pdb_two_seq.fasta -mode expresso
$$: t_coffee three_pdb_two_seq.fasta -method sap_pair, slow_pair -template_file PDB

Команда 2: два способа запуска 3D-Coffee
$$: t_coffee three_pdb.fasta -mode 3dcoffee
$$: t_coffee three_pdb.fasta -method sap_pair, slow_pair -template_file _SELF_P_

Команда 3. Выбор собственных шаблонов и методов
$$: t_coffee three_pdb_two_seq.fasta -method mustang_pair, slow_pair -template_file \
    three_pdb_two_seq_pdb1. template_list

Команда 4: Запуск Expresso с использованием локального BLAST / PDB
##: t_coffee three_pdb_two_seq.fasta -mode expresso -blast = LOCAL -pdb_db =  \
    -pdb_type d -pdb_min_sim 95 -pdb_min cov 90 -cache $ PWD
 

Подсказка

По умолчанию структуры и структурные попарные выравнивания хранятся в вашем локальном ~ / .t_coffee / cache /, что позволяет Expresso работать быстрее, если вы повторно используете аналогичные структуры; вы можете выбрать, чтобы все эти файлы были прямо в вашем рабочем каталоге, используя -cache = $ PWD .Не забывайте время от времени очищать каталог кеша, иначе ваша папка будет становиться все больше и больше (аналогичный комментарий можно сделать для любого режима T-Coffee на основе шаблонов).

Параметры поиска шаблона

Чтобы использовать Expresso, у вас есть разные варианты — от полностью автоматизированной процедуры до индивидуализированной процедуры, путем выбора собственных структур или определения различных критериев для выбора шаблона. Вы можете получить исчерпывающий список в технической документации T-Coffee (подраздел Режимы T-Coffee на основе шаблона ), но наиболее важными параметрами для выбора шаблона являются следующие:

• -pdb_type : тип структуры («d» для дифракции / XRAY или «n» ЯМР-структур)
• -pdb_min_cov : минимальное покрытие между последовательностью запроса и шаблоном (от 0 до 100%)
• -pdb_min_sim : минимальная идентичность между последовательностью запроса и шаблоном (от 0 до 100%)

Выравнивание последовательностей и структур

Профиль последовательности смешивания и шаблоны структуры

Если вы хотите пойти дальше и быть еще медленнее, вы можете использовать точный режим, который объединяет профильную и структурную информацию.Если структура недоступна, шаблон будет профилем (аналогично PSI-Coffee, см. Подраздел Выравнивание профилей ). Это, вероятно, один из наиболее точных способов выравнивания последовательностей, доступных в настоящее время, поскольку он пытается получить как можно больше информации.

 $$: t_coffee sample_seq1.fasta - режим точный
 

Выравнивание профиля с использованием структурной информации

Если у вас есть два профиля, которые нужно выровнять, идеальная ситуация — это когда каждый ваш профиль содержит одну или несколько структур.Эти структуры будут определять выравнивание профилей, даже если они содержат очень дистально связанные последовательности. Все, что вам нужно, это файл шаблона, в котором указано, какие последовательности имеют известную структуру. Если вы хотите только выровнять последовательности, вы можете попробовать:

 $$: t_coffee -profile = profile1_pdb1.aln, profile2_pdb2.aln -method sap_pair \
    -profile_template_file two_profiles.template_file
 

Использование прогнозов вторичной структуры

T-Coffee можно использовать для прогнозирования вторичных структур и трансмембранных доменов. Для предсказаний вторичной структуры текущая реализация может запускать GOR только для отдельных последовательностей или для группы гомологов, найденных BLAST.

Прогнозирование одной последовательности

Для прогнозирования вторичной структуры T-Coffee использовала программу GOR. В командной строке -template_file = SSP находится жестко закодированный режим, который запрашивает вычисление предсказанных вторичных структур. При таком использовании метод будет создавать для каждой последовательности вторичный файл прогноза ( .ssp ). GOR запускается на отдельных последовательностях с относительно низкой точностью, которую можно увеличить, связав его с BLAST (команда 2). При этом прогнозы для каждой последовательности получаются путем усреднения прогнозов GOR для каждого гомолога, как сообщается BLAST против nr. По умолчанию BLAST выполняется удаленно в NCBI с помощью веб-службы BLASTPGP EBI. Трансмембранные структуры также могут быть выполнены просто или следуя той же предыдущей стратегии (команды 3 и 4).

 Команда 1:
$ #: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file SSP

Команда 2:
$ #: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file PSISSP

Команда 3:
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file TM

Команда 4:
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file PSITM
 

Включение предсказания в расклад

Можно использовать вторичный прогноз (команда 1) или прогноз трансмембранных доменов (команда 2), чтобы вознаградить выравнивание подобных элементов:

 Команда 1:
$ #: t_coffee sample_seq1.fasta -file_template_file PSISSP -method_evaluate_mode ssp -method \
    lalign_id_pair

Команда 2:
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -file_template PSITM -method_evaluate_mode tm -method \
    lalign_id_pair
 

Общий эффект очень грубый и может доходить до 30% превышения оценки, полученной при сопоставлении двух остатков в аналогичном состоянии вторичной структуры. Конечным следствием является то, что остатки в подобных предсказанных состояниях, как правило, легче выравниваются.

Подсказка

В этом случае флаг -метод может принимать только один единственный метод

Использование других предсказаний вторичной структуры

Если у вас есть собственные прогнозы, вы можете использовать их для запуска T-Coffee, предоставив собственный файл шаблона, в котором файл, содержащий прогноз вторичной структуры, объявлен вместе с последовательностью (с _E_).

 Команда:
$ #: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file sample_seq1_ssp.template -method_evaluate_mode \
    ssp -method lalign_id_pair

Формат файла шаблона:
> hmgl_wheat _E_ hmgl_wheat.ssp
> hmgb_chite _E_ hmgb_chite.ssp
> hmgl_trybr3 _E_ hmgl_trybr3.ssp
...

Формат файла прогноза:
> hmgl_wheat
CCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCE
 

Вывод прогноза

Вы можете вывести цветную версию вашего выравнивания, используя предсказанную вторичную структуру или прогнозы трансмембранных областей:

 Прогноз вторичной структуры:
$ #: t_coffee sample_seq1. fasta -template_file PSISSP -output sec_html

Прогноз трансмембранных регионов:
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file PSITM -output tm_html
 

последовательностей РНК с использованием 2D и 3D структуры

Основное свойство последовательностей РНК — иметь вторичную структуру, которая может использоваться для проведения выравнивания. Хотя по умолчанию T-Coffee не имеет встроенного специального метода выравнивания РНК, мы разработали специальные режимы и инструменты для выравнивания и анализа РНК (более подробную информацию см. В подразделе Манипулирование последовательностями РНК ).

последовательностей РНК с использованием 2D-структуры (R-Coffee)

Введение

R-Coffee — это специальный режим T-Coffee, разработанный специально для обработки последовательностей РНК. Он оказался намного более точным, чем стандартный T-Coffee, из-за его специфической конструкции. Его можно запустить как автономный выравниватель (с использованием прогнозирования вторичной структуры) или с помощью стороннего программного обеспечения.

R-Coffee: выравнивание последовательностей РНК с использованием вторичных структур

R-Coffee использует предсказанные вторичные структуры с помощью программного обеспечения RNApfold, чтобы улучшить выравнивание РНК.Запуск R-Coffee по умолчанию довольно прост (команда 1), но что касается T-Coffee, вы также можете указать предпочитаемые вами методы (команда 2):

 Команда 1: R-Coffee по умолчанию
$$: t_coffee sample_rnaseq1.fasta -mode rcoffee

Команда 2: выбранные методы R-Coffee
$$: t_coffee sample_rnaseq1.fasta -mode rcoffee -method lalign_id_pair, slow_pair
 

Улучшение R-Coffee

Мы предложили два режима для улучшения выравнивания R-Coffee: 1) использование лучшего метода для последовательностей РНК (а именно Consan), 2) комбинирование многих методов для достижения большей надежности (RM-Coffee).

 Использование Консана (лучше всего):
$ #: t_coffee sample_rnaseq1.fasta -mode rcoffee_consan


Используя несколько методов:
$$: t_coffee sample_rnaseq1. fasta -mode rmcoffee
 

Подсказка

Чтобы узнать, лучше ли выравнивание РНК, чем другое, лучше всего визуализировать компенсаторные мутации вторичной структуры: посмотрите подраздел Манипулирование последовательностями РНК .

РНК-последовательностей с использованием 2D и 3D структур (SARA-Coffee и RSAP-Coffee)

SARA-Coffee представляет собой выравниватель множественной РНК на основе структуры.Это новый алгоритм, который объединяет попарные выравнивания структур РНК, выполняемые SARA, с структурой T-Coffee с множественными последовательностями. Поскольку настройка зависимостей SARA-Coffee (T-Coffee, SARA, X3DNA, Numpy, Biopython, Perl, Python 2.7) может быть сложной задачей, мы предоставляем автономную виртуальную машину Vagrant, которая загружает и настраивает все необходимое программное обеспечение для вас. . Эта процедура может быть сложной, и если вы не можете установить SARA, мы рекомендуем вместо нее использовать RSAP-Coffee (см. Следующий абзац).

RSAP-Coffee — это альтернативный экспериментальный вариант SARA-Coffee с использованием структурных выравнивателей белков.Он обрабатывает файлы РНК PDB таким образом, что атомы углерода C3 ’рассматриваются как C-альфа в белковой цепи. Эта процедура подходит для любого выравнивателя структуры белка, который учитывает только альфа-атомы углерода в основной цепи. По умолчанию rsapcoffee использует sap_aligner, который поставляется с дистрибутивом T-Coffee по умолчанию.

Примечание

SARA-Coffee и RSAP-Coffee используют очень похожую командную строку. На практике единственное отличие заключается в использовании метода sa_pair вместо methiod sara_pair при буолдинге библиотеки T-Coffee.

Запуск SARA / RSAP-Coffee

Процедура аналогична Expresso / 3Dcoffee и требует предоставления файла шаблона в файлах PDB, сопоставленных с соответствующими последовательностями

> <Идентификатор Seq РНК> _P_ 
> <Идентификатор Seq РНК> _P_ 
. ..
 

Примечание

PBD может быть идентификатором файла PDB или файлом PDB. Файл может находиться либо в вашем домашнем каталоге, либо в месте, указанном переменной окружения PBD_DIR .Если вы используете идентификатор, T-Coffee сможет загрузить файл из RCSB.

Примечание

Если в вашем PDB SEQRES и ATOM дают другую последовательность, T-Coffee будет использовать последовательность, оцененную из ATOM. Если последовательность tghis не соответствует вашему FASTA, они будут согласованы с использованием процедуры выравнивания для установления эквивалентности остатков.

Затем вам нужно запустить

 $$: t_coffee t_coffee -seq rna3D.fa -mode rsapcoffee -template_file rna3D.template
 

или

$$: t_coffee t_coffee -seq rna3D.fa -mode saracoffee -template_file rna3D.template

По умолчанию RSAP-Coffee запускает только sap, но вы также можете запускать другие структурные методы, поддерживаемые T-Cofee. как Mustang или TM-Align

 $ #: t_coffee  -mode rsapcoffee -method sap_pair, mustang_pair, TMalign_pair -template_file <файл шаблона>
 

Процедура по умолчанию предназначена для обработки множества файлов и последовательностей PDB. Все возможные пары последовательностей PDB выравниваются с использованием методов на основе структуры (структурная библиотека), и все возможные пары последовательностей (включая последовательности PDB) затем выравниваются с использованием режима R-Coffee (вторичная библиотека).Во вторичной библиотеке последовательности PDB выравниваются с использованием их экспериментально полученных вторичных структур, по оценке X3DNA. Обратите внимание, что если у вас есть только структуры, вы можете использовать следующие командные строки для выполнения строгого выравнивания последовательности на основе структуры:

 $$: t_coffee -seq rna3D.fa -method sap_pair -template_file rna3D.template
 

В этом случае последовательности PDB выравниваются с использованием экспериментальной

Оценка точности выравнивания на основе структуры РНК

Можно использовать процедуру irmsd для оценки d-RMSD выравнивания последовательностей на основе шовного материала.

 $$: t_coffee -other_pg irmsd -aln rna3D_msa2.aln -file_template_file rna3D.template
 

Установка SARA-Coffee VM

Следуйте процедуре:

 1) Установите или обновите виртуальный ящик с https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads

2) Установите или обновите vagrant с: http://www.vagrantup.com

3) Клонируйте виртуальную машину sara-coffee (этот проект) в удобном месте
   ##: git clone https://github.com/cbcrg/sara-coffee-vm.git

4) Войдите в папку sara-coffee-vm и запустите vagrant
   ##: cd sara-coffee-vm /
   ##: бродить
 

При первом запуске он автоматически загрузит виртуальную машину и все пакеты, необходимые для SARA-Coffee.Это может занять несколько минут, так что наберитесь терпения. Когда он загрузится и шаги настройки будут завершены, войдите в экземпляр виртуальной машины:

 1) Войдите в ВМ:
   ##: бродячий ssh

2) Зайдите в SARA-Coffee:
   ##: cd sara_coffee_package /

3) Запустите SARA-Coffee:
   ##: ./sara_coffee. sh <входной файл> <выходной файл>
 

Папка «/ vagrant /» используется совместно виртуальной машиной Sara-Coffee и вашей локальной машиной. На вашем локальном компьютере эта папка — та, в которой вы запустили vagrant (т.е.е. Сара-кофе-ВМ). По завершении остановите виртуальную машину, используя команду vagrant halt или vagrant destroy , в зависимости от того, хотите ли вы временно остановить выполнение или навсегда удалить виртуальную машину со всеми ее файлами.

Образ Docker для SARA-Coffee

SARA-Coffee также распространяется в виде контейнера Docker. Это позволит вам запустить его без необходимости устанавливать и настраивать каждый отдельный пакет зависимостей. Если у вас установлен Docker, просто вытяните контейнер SARA-Coffee с помощью команды 1 и запустите SARA-Coffee с помощью команды 2:

 Команда 1: Потяните контейнер для кофе SARA
##: docker pull cbcrg / saracoffee **.Команда 2: запустить SARA-Coffee
##: docker run -v $ PWD: $ PWD -w $ PWD cbcrg / saracoffee  
 **
 

Примечание

эта команда предполагает, что ваш входной файл находится в рабочем каталоге. Если это не так, вам нужно будет соответственно смонтировать путь к входному файлу.

Выравнивание последовательностей ДНК

Выравнивание последовательностей ДНК

MSA не наилучшим образом подходят для выравнивания последовательностей ДНК. По возможности попробуйте использовать локальный пакет MSA, например сэмплер Гиббса; тем не менее, если вы считаете, что ваша последовательность ДНК гомологична по всей длине, вы можете использовать T-Coffee.Теоретически программа автоматически распознает последовательности ДНК и использует соответствующие методы, но добавление флага -type = dna не может причинить никакого вреда …

 $$: t_coffee sample_dnaseq1.fasta -type = dna
 

Объявление типа (или его автоматическое определение) запускает использование соответствующей матрицы замещения в большинстве методов. Однако, если вы предпочитаете использовать свою собственную матрицу, используйте следующую команду, в которой вы должны заменить idmat своей собственной матрицей в формате BLAST.

 $$: t_coffee sample_dnaseq1.fasta -in Mcdna_fast_pair @ EP @ MATRIX @ idmat
 

Pro-Coffee: выравнивание функциональных участков ДНК

Pro-Coffee — это метод MSA, специально разработанный для промоторных областей или других ортологичных областей ДНК, содержащих функциональные элементы (например, энхансеры). Pro-Coffee учитывает корреляцию нуклеотидов ближайшего соседа при выравнивании последовательности ДНК. Для этого сначала он переводит последовательности в динуклеотидный алфавит, а затем выполняет выравнивание с использованием специально разработанной матрицы динуклеотидных замен.Эта матрица была построена на основе выравнивания сайтов связывания из базы данных Transfac. Тест на многовидовых данных ChIP-seq показывает, что проверенные сайты связывания будут лучше выровнены, чем при использовании стандартных методов. Запустить Pro-Coffee легко по умолчанию (команда 1), однако пользователь может эмпирически изменить все параметры зазора, чтобы улучшить MSA (команда 2). По умолчанию параметры были оптимизированы на тестах (GOP = -60 / GEP = -1), но поскольку каждый набор данных отличается, вы можете убедиться в этом сами.После завершения выравнивания вы всегда можете использовать параметры переформатирования, чтобы извлечь интересующие области (команда 3).

 Команда 1: Pro-Coffee по умолчанию
$$: t_coffee -seq c18orf19.fa -mode procoffee

Команда 2: параметры Pro-Coffee
$$: t_coffee -seq c18orf19.fa -method promo_pair @ EP @ GOP @ -60 @ GEP @ -1

Команда 3: Извлечение регионов
$$: t_coffee -other_pg seq_reformat -in c18orf19.aln -action + extract_block \
    'ENSG00000177150' 1852 1983> c18orf19_chipseq.aln
 

Подсказка

Если вы хотите получить более подробную информацию, мы предлагаем вам следовать подразделу Краткое руководство, Учебное пособие (Практические примеры) , опубликованному в Nature Protocols (2011), или обратиться к исходной статье.

Варианты соединения

Варианты сварки особенно сложны для большинства программ MSA, потому что варианты сварки требуют очень длинных промежутков для вставки, и большинство программ пытаются сопоставить как можно больше символов. Стандартные программы, такие как ClustalW или MUSCLE, плохо справляются с этой ситуацией, и, по нашему опыту, единственные программы, которые могут что-то делать с вариантами склейки, — это те, которые используют локальную информацию, например, некоторые разновидности MAFFT и T-Coffee. Например, если вы попробуете мышцу на следующем наборе данных с помощью команды 1, вы быстро поймете, что ваше выравнивание не очень хорошее и не показывает, где одновременно происходит альтернативное сращивание.С другой стороны, если вы используете T-Coffee (команда 2), все становится намного яснее. Причина, по которой T-Coffee работает лучше других пакетов, в основном потому, что он использует локальную информацию (lalign_id_pair) и, следовательно, менее чувствителен к длинным пропускам. Если режим по умолчанию не работает для вашего набора данных, вы можете попытаться быть немного более агрессивным и использовать только локальную информацию для вычисления вашей библиотеки (команда 3). Конечно, чем более отдаленно связаны ваши последовательности, тем сложнее выравнивание вариантов сплайсинга.

 Команда 1: использование MUSCLE
##: Muscle -in sv.fasta -clw -out sv_muscle.aln

Команда 2: использование T-Coffee
$$: t_coffee sv.fasta

Команда 3: использование только локальной информации
$$: t_coffee sv.fasta -method lalign_id_pair
 

Шумные кодирующие последовательности ДНК…

Имея дело с кодирующей ДНК, правильнее всего сделать это — перевести последовательность ДНК и нанести ДНК на выравнивание белков, если вам действительно нужна ДНК. Однако иногда ваша кДНК может быть не настолько чистой, чтобы вы могли легко ее перевести (сдвиг рамки и т. Д.).В таких случаях попробуйте (без гарантии) следующий специальный метод. Тестовый пример в three_dna_seq.fasta содержит последовательности ДНК трех протеаз с парой сдвигов рамки здесь и там. Если вы выполните регулярное выравнивание этих последовательностей (команда 1), вы увидите, что многие зазоры имеют размер, не кратный 3 (размер кодона). При использовании соответствующего метода выравнивания, который учитывает все кадры одновременно, мы получаем нечто гораздо более значимое (команда 2). В конце вы даже можете восстановить исправленную последовательность белка (команда 3), используя специальный параметр + clean cdna , небольшую HMM, которая проходит через каждую последовательность и выбирает рамку, чтобы максимизировать сходство в выравнивании (часть утилита seq_reformat ).

 Команда 1: Выравнивание по умолчанию
$$: t_coffee three_cdna.fasta

Команда 2: специальный режим для кДНК
$$: t_coffee three_cdna.fasta -method cdna_fast_pair

Команда 3: Восстановление ваших белковых последовательностей
$$: t_coffee -other_pg seq_reformat -in three_cdna.aln -action + clean_cdna + translate
 

Использование нескольких методов MSA одновременно

Одна из наиболее распространенных ситуаций при построении MSA — иметь несколько выравниваний, произведенных разными альтернативными методами, и не знать, какой из них выбрать.В этом разделе мы покажем вам, как использовать M-Coffee для объединения нескольких выравниваний в одно выравнивание или как вы можете указать только те методы, которые вам нужны. M-Coffee — не всегда лучший метод, но обширные тесты на BAliBASE, PREFAB и HOMSTRAD показали, что он обеспечивает наилучшее выравнивание в 2 случаях из 3. Если вы не хотите использовать методы, предоставляемые M-Coffee, вы можете также комбинируйте предварительно вычисленные выравнивания.

Использование стороннего выравнивателя через T-Coffee

T-Coffee устанавливается вместе со многими выравнивателями, необходимыми, например, для работы M-Coffee и многого другого.Если вы наберете t_coffee , он отобразит на экране различные параметры t_coffee и все включенные методы. Если вы посмотрите внимательно, вы увидите, что большинство методов существует под двумя наименованиями: 1) _msa или 2) _pair . В первом случае это означает, что T-Coffee будет использовать указанный метод для запуска вашего MSA, поэтому вы можете легко выполнить выравнивание ClustalW или MAFFT с помощью T-Coffee. Во втором случае вы просите T-Coffee согласовать каждую пару последовательностей с указанными методами, окончательный MSA будет вычислен с использованием согласованности T-Coffee между всеми парами. Если вам нужна дополнительная информация, перейдите к Интеграция внешних методов в T-Coffee .

Использование всех методов одновременно: M-Coffee

Чтобы использовать M-Coffee (M означает Meta aligner), вам потребуется установить несколько пакетов (см. Установка T-Coffee и раздел Интеграция внешних методов в T-Coffee ). Если вы выполнили установку по умолчанию, все необходимое программное обеспечение должно быть там. M-Coffee — это специальный режим T-Coffee, который вы можете вызвать с помощью флага -mode mcoffee .Он выровняет вашу последовательность с помощью 8 различных выравнивателей: ClustalW, POA, MUSCLE, ProbCons, MAFFT, Dialing-T, PCMA и T-Coffee:

 $$: t_coffee proteases_small.fasta -mode mcoffee -output clustalw, html
 

Окончательный MSA представляет собой комбинацию всех методов. Выравнивание окрашено в цветовую схему согласованности T-Coffee, но в этом случае цвета будут отражать согласованность между методами: 1) области, выделенные красным, имеют высокую согласованность, поэтому все методы согласуются, и вы можете ожидать, что они будут довольно точными , 2) области, отмеченные зеленым / синим цветом, имеют самую низкую согласованность, что означает, что все методы обеспечивают различное выравнивание в этих областях, и вы не должны им доверять. В целом это выравнивание имеет оценку 951 (1000 — максимум), что означает, что оно примерно на 95% соответствует всей коллекции; это довольно высокий показатель, означающий, что вы можете доверять своему выравниванию.

Использование выбранных методов для вычисления вашего MSA

Использование 8 методов, предопределенных в M-Coffee, иногда может быть немного сложным, если вы хотите использовать только подмножество ваших любимых методов, вы должны знать, что каждый из этих методов доступен через флаг -method .Вы можете сделать любую комбинацию, которую хотите !!! Например, чтобы объединить MAFFT, MUSCLE, T-Coffee и ProbCons, вы можете использовать:

 $$: t_coffee proteases_small.fasta -method = t_coffee_msa, mafft_msa, probcons_msa, \
    Muscle_msa -output = HTML
 

Установочные профили

Иногда лучше предварительно выровнять подмножество ваших последовательностей, а затем использовать это небольшое выравнивание в качестве основного для добавления последовательностей (выравнивание последовательности для профиля) или даже для выравнивания нескольких профилей вместе, если ваше семейство белков содержит отдаленно связанные группы. T-Coffee содержит большинство средств, доступных в ClustalW для работы с профилями, и описанная здесь стратегия может использоваться для работы с большими наборами данных.

Последовательность (и) выравнивания по профилю (ам)

Предполагая, что у вас есть несколько выравниваний (sproteases_small.aln) или профилей, вот простая стратегия для выравнивания последовательности (ей) с вашим профилем (ами). Он может выравнивать переменное количество последовательностей от 1 до N с переменным количеством профилей от 1 до N: вы можете смешивать последовательности и профили в любой пропорции.

 Добавление одной последовательности в ваш MSA:
$$: t_coffee proteases_oneseq.fasta -profile proteases_small.aln

Добавление множества последовательностей ко многим профилям:
$$: t_coffee -profile = prf1.aln, prf2.aln, prf3.aln -outfile = Combined_profiles.aln
 

Предупреждение

Вы также можете использовать все методы, которые захотите, но помните, что при использовании внешних методов профили не всегда поддерживаются. Если это не так, она заменяется согласованной последовательностью, которая не будет такой точной. Методы, поддерживающие полную информацию профиля: lalign_id_pair, slow_pair, proba_pair, clustalw_pair и clustalw_msa.Все остальные методы (внутренние или внешние) рассматривают профиль как согласованный (менее точный).

Вычисление очень точных (но медленных) выравниваний с помощью PSI / TM-Coffee

PSI-Coffee в настоящее время является наиболее точным режимом T-Coffee, но также и самым медленным. Его принцип довольно прост: он связывает каждую последовательность с профилем гомологичных последовательностей, собранных с помощью BLAST в базе данных последовательностей (nr по умолчанию). Затем PSI-Coffee использует профили вместо исходных последовательностей для совмещения множественных профилей (команда 1).На последнем этапе ваши профили заменяются исходной последовательностью запросов из исходного набора данных и возвращают MSA ваших последовательностей. PSI-Coffee также может использовать сокращенную базу данных вместо nr (установленной локально), чтобы ускорить процесс. Специальный режим, TM-Coffee, существует с использованием PSI-Coffee, но специализируется на выравнивании трансмембранных белков с использованием сокращенной базы данных TM-белков, а также включает прогнозирование трансмембранных доменов с флагом -template_file PSITM (команда 2).Это намного быстрее, поскольку база данных поиска ограничена известным трансмембранным белком, однако он применяется только в особых случаях, в отличие от PSI-Coffee, который является общим методом. Вы можете найти больше информации о TM-Coffee здесь. Если вы хотите указать локальную версию BLAST и локальную базу данных по вашему выбору, просто добавьте в свою командную строку флаги -blast_server и -protein_db и соответствующие пути.

 Команда 1: PSI-Coffee
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -mode psicoffee

Команда 2: TM-Coffee
##: t_coffee proteases_small.fasta -mode psicoffee -template_file PSITM -protein_db <база данных>
 

Предупреждение

PSI / TM-Coffee требует BLAST и базы данных для поиска; если у вас не установлен BLAST локально, он будет использовать BLAST по умолчанию для T-Coffee. Что еще более важно, если вы не укажете сокращенную базу данных для TM-Coffee, она будет работать с номером и будет равна PSI-Coffee.

Подсказка

При запуске PSI / TM-Coffee, T-Coffee по умолчанию будет использовать BLAST EBI; может случиться так, что веб-служба время от времени недоступна, T-Coffee вернет предупреждение с просьбой использовать вместо этого NCBI BLAST.Вы можете либо сделать это, либо подождать и вернуться к своей работе позже.

% PDF-1.7 % 450 0 объект > endobj xref 450 190 0000000016 00000 н. 0000005020 00000 н. 0000005182 00000 п. 0000005475 00000 н. 0000005994 00000 н. 0000006954 00000 н. 0000007008 00000 н. 0000007209 00000 н. 0000007392 00000 н. 0000008353 00000 п. 0000009315 00000 н. 0000009496 00000 п. 0000010012 00000 п. 0000010204 00000 п. 0000010362 00000 п. 0000010730 00000 п. 0000010921 00000 п. 0000011115 00000 п. 0000027538 00000 п. 0000027596 00000 п. 0000027705 00000 п. 0000027793 00000 п. 0000028006 00000 п. 0000028218 00000 п. 0000028376 00000 п. 0000028497 00000 п. 0000028671 00000 п. 0000028880 00000 п. 0000029019 00000 п. 0000029201 00000 п. 0000029341 00000 п. 0000029468 00000 п. 0000029615 00000 п. 0000029809 00000 п. 0000030015 00000 п. 0000030187 00000 п. 0000030348 00000 п. 0000030488 00000 п. 0000030663 00000 п. 0000030799 00000 п. 0000030947 00000 п. 0000031111 00000 п. 0000031255 00000 п. 0000031379 00000 п. 0000031565 00000 п. 0000031684 00000 п. 0000031848 00000 п. 0000032015 00000 н. 0000032143 00000 п. 0000032296 00000 п. 0000032465 00000 п. 0000032561 00000 п. 0000032659 00000 п. 0000032800 00000 п. 0000032905 00000 н. 0000033012 00000 п. 0000033113 00000 п. 0000033230 00000 н. 0000033332 00000 п. 0000033437 00000 п. 0000033531 00000 п. 0000033647 00000 п. 0000033755 00000 п. 0000033863 00000 п. 0000033974 00000 п. 0000034101 00000 п. 0000034203 00000 п. 0000034390 00000 п. 0000034547 00000 п. 0000034654 00000 п. 0000034805 00000 п. 0000034961 00000 п. 0000035079 00000 п. 0000035226 00000 п. 0000035341 00000 п. 0000035443 00000 п. 0000035551 00000 п. 0000035711 00000 п. 0000035813 00000 п. 0000035921 00000 п. 0000036067 00000 п. 0000036227 00000 п. 0000036389 00000 п. 0000036549 00000 п. 0000036680 00000 п. 0000036838 00000 п. 0000036997 00000 п. 0000037113 00000 п. 0000037244 00000 п. 0000037341 00000 п. 0000037434 00000 п. 0000037609 00000 п. 0000037706 00000 п. 0000037799 00000 н. 0000037969 00000 п. 0000038066 00000 п. 0000038159 00000 п. 0000038312 00000 п. 0000038409 00000 п. 0000038538 00000 п. 0000038704 00000 п. 0000038801 00000 п. 0000038894 00000 п. 0000039059 00000 п. 0000039157 00000 п. 0000039250 00000 п. 0000039371 00000 п. 0000039493 00000 п. 0000039621 00000 п. 0000039775 00000 п. 0000039932 00000 н. 0000040060 00000 н. 0000040214 00000 п. 0000040335 00000 п. 0000040483 00000 п. 0000040618 00000 п. 0000040739 00000 п. 0000040836 00000 п. 0000040929 00000 п. 0000041050 00000 п. 0000041147 00000 п. 0000041240 00000 п. 0000041401 00000 п. 0000041498 00000 п. 0000041591 00000 п. 0000041759 00000 п. 0000041856 00000 п. 0000041949 00000 п. 0000042110 00000 п. 0000042207 00000 п. 0000042300 00000 п. 0000042462 00000 п. 0000042559 00000 п. 0000042652 00000 п. 0000042806 00000 п. 0000042903 00000 п. 0000042996 00000 п. 0000043175 00000 п. 0000043272 00000 п. 0000043365 00000 п. 0000043486 00000 п. 0000043607 00000 п. 0000043728 00000 п. 0000043885 00000 п. 0000044025 00000 п. 0000044144 00000 п. 0000044285 00000 п. 0000044406 00000 п. 0000044527 00000 п. 0000044675 00000 п. 0000044810 00000 п. 0000044907 00000 н. 0000045000 00000 н. 0000045121 00000 п. 0000045218 00000 п. 0000045311 00000 п. 0000045432 00000 п. 0000045529 00000 п. 0000045622 00000 п. 0000045784 00000 п. 0000045954 00000 п. 0000046048 00000 п. 0000046198 00000 п. 0000046374 00000 п. 0000046468 00000 н. 0000046571 00000 п. 0000046683 00000 п. 0000046831 00000 п. 0000046956 00000 п. 0000047078 00000 п. 0000047207 00000 п. 0000047303 00000 п. 0000047403 00000 п. 0000047515 00000 п. 0000047645 00000 п. 0000047739 00000 п. 0000047843 00000 п. 0000047963 00000 н. 0000048075 00000 п. 0000048203 00000 п. 0000048350 00000 п. 0000048466 00000 н. 0000048630 00000 н. 0000048765 00000 п. 0000048882 00000 н. 0000048980 00000 н. 0000049091 00000 п. 0000049210 00000 п. 0000049331 00000 п. 0000004096 00000 н. трейлер ] / Назад 539334 >> startxref 0 %% EOF 639 0 объект > поток hT] HQ> 3; *: n +? DZA> j # ZLSEnJB &% ZFȦa * A> B! «* ҋd> tY 2 | 0

IZA World of Labor — Внутренний или внешний найм?

Когда работодатель заполняет вакансия с одним из собственных работников (путем продвижения по службе или горизонтального перевода), она отказывается от возможность заполнить вакансию новым сотрудником не из фирмы.Хотя фирмы используют как внутренние, так и внешние методы найма, они часто отдают предпочтение инсайдерам. Внутренний и внешний найм различаются наблюдаемыми характеристики (например, уровень квалификации), как и работодатели, решения о найме. Понимание этих различий помогает работодателям разрабатывать и управлять политиками найма, подходящими для их организаций.

Плюсы

Внутренний найм имеет низкую оборотную сторону риск, потому что есть небольшая неопределенность в производительности, поэтому катастрофический прокат маловероятен.

Внутренний найм дает рабочих сильные стимулы, потому что меньший круг конкурентов означает эти усилия с большей вероятностью будут вознаграждены повышение.

Внутренний найм поощряет работников (которые ожидают долгой карьеры в фирме) для развития специализированные знания и навыки.

Фирма может продуктивно перераспределить рабочую силу по уровням должностей за счет внутренних найм.

Внутренний найм на одном уровне должности создает новые вакансии, усиливая стимулы при более низких уровни.

Минусы

Внутренний найм имеет меньше возможностей потенциал, чем внешний найм, потому что мало неуверенность в звездном потенциале претендента.

Рабочие фирмы могут расти самодовольным и ленивым без перспективы хоть каких-то внешний найм.

Внутренний найм ограничивает вливание в фирму новых знаний и идей.

Внутренний найм ограничивает размер пула заявителей, что потенциально исключает некоторые звезды.

Новые вакансии, созданные внутренняя политика найма связана с дополнительными набор, отбор, ориентация и обучение расходы.

При принятии решения о проведении внутреннего или внутреннего внешний найм, работодатели должны учитывать характер и уровень работы, характеристики фирмы и отрасли, а также систему человеческих политики управления ресурсами, такие как интенсивный набор и проверка политика и обучение. Внутренний наем следует предпочесть внешнему прием на работу, когда знания и навыки, характерные для фирмы, важны, когда продвижение по службе имеет решающее значение для мотивации нынешних работников, когда затраты на Ошибки при приеме на работу особенно велики, а при появлении дополнительной вакансии (создается, когда работник переключает работу внутри компании) не слишком дорого.

В 2019 г., Harvard Business В обзоре опубликован список 100 самых эффективных руководителей в мире руководители (CEO) [1].В десятке лучших Для руководителей из этого списка внутреннее продвижение более распространено, чем внешнее. набор. Только генеральный директор №6, Игнасио Галан из Iberdrola, был внешне набран.

Эти модели характерны не только для звездных руководителей. Они также относятся к другим генеральным директорам и руководителям высокого уровня. Управленческие и профессиональные вакансии чаще заполняются за счет внутренних рекламных акций или горизонтальные движения, чем через внешние продвижения или горизонтальные движения.Там больше баланса между внутренним и внешним наймом на низкоквалифицированных должностях (например, канцелярские и опытные работники), предполагая, что склонность к внутренний найм повышается вместе с уровнем в иерархии должностей. Факт что внутренние продвижение по службе более распространены, чем внешний найм, но что оба наблюдаются, что говорит о том, что у внутреннего найма есть свои плюсы и минусы, с преобладающим контекстом.

Теория внутреннего и внешнего наем

Одна из причин предпочесть инсайдеров: они понимают компанию и ее организационную культуру и развитые навыки, характерные для организации. Эти навыки имеют тенденцию к установлению длительных трудовых отношений между работниками и работодатели, потому что уникально продуктивные трудовые отношения приносит пользу обеим сторонам.Более того, ожидания обеих сторон, что трудовые отношения будут способствовать развитию желания инвестировать в дальнейшие развитие этих навыков. Кроме того, при приеме на работу меньше неопределенности. инсайдеров, что снижает вероятность катастрофического найма. Это соображение особенно важно, когда организационные издержки плохого найма высокие.

Прочие основания для внутреннего найма касаются стимулов.Если рабочие знают, что им нужно только превзойти их внутренние коллеги (в отличие от огромного пула потенциальных внешних нанимает), чтобы выиграть повышение, приложив немного дополнительных усилий, увеличивают свои шансы на продвижение. Напротив, также необходимо превзойти неуказанное количество неизвестных внешних соискателей обескураживает, и дополнительные усилия могут показаться нецелесообразными.Для борьбы с такими разочарование, работодатели могут затем склонить пользу инсайдеров, что означает, что они передадут работу постороннему только если этот человек окажется на значительно более способным на , чем инсайдеры [2]. Однако пока усиливая стимулы для инсайдеров, такие ограничения увеличивают шанс сделать низкое продвижение.

Таким образом, существует противоречие между использованием продвижения по службе для создания стимулов для работников и их использования для соответствия работников на рабочие места с максимально возможной эффективностью [3]. Иногда двое конфликт целей. Например, продвижение наиболее эффективных от профессора колледжа до декана может быть хорошим стимулом (потому что лучший исполнитель получает повышение), но плохо для эффективной работы назначение (потому что лучший преподаватель может не быть лучше всего подходит для работы деканом).Таким образом, даже если рабочие уже приложили значительные усилия, чтобы выиграть продвижение по службе, эта забота об эффективности может соблазнить работодателя отказаться от исполнителя в пользу внешнего проката, потому что больший внешний пул кандидатов может позволить фирме найти более подходящего кандидата. Предвкушая при таком «отказе» рабочие могут не прилагать больших усилий.Но потому что у работников была бы большая мотивация, если бы они были уверены, что работодатель придерживался внутренней политики найма, работодатели могли хотят установить и придерживаться внутренней политики найма [4].

Мотивация работников за счет Тем не менее, соображения продвижения могут не всегда в интересах работодателя. Например, сотрудники могут отставать от задачи, наиболее соответствующие их текущей работе и превосходящие навыки относится к должности более высокого уровня, к которой они стремятся.Чтобы отговорить такое поведение, работодатели могут сократить разницу в компенсации между текущей работой работника и руководящей должностью более высокого уровня, что должно снизить стоимость найма со стороны, а не продвигать внутренне [5].

Внешний набор также имеет свои преимущества. Он приносит в организацию свежие идеи. Посторонние не запутываются организационной политики, делая их менее восприимчивыми к непродуктивным влияние коллег и подчиненных. Пул потенциальной работы кандидатов больше для внешнего набора, особенно если фирма готов открыть широкую сеть и вложить значительные средства в дополнительные стратегии найма и проверки. В качестве относительно неизвестных величин внешний найм имеет большой потенциал роста, поэтому внешний найм может стать суперзвездой, и наем со стороны стоит риска.Наконец, внешний найм заполняет одну вакансию без создания другой, тогда как внутренний найм создает каскад новых вакансий внутри иерархия должностей.

Угроза внешнего найма также может не позволяйте работникам успокаиваться. Этот момент может показаться противоречивым с аргументом, что внутренняя политика найма укрепляет работника стимулы (поскольку приложив немного больше усилий, продвижение улучшится шансов больше, чем если бы рабочий на равных конкурировал с посторонними ну и инсайдеры). Но противоречия нет. В некоторых организациях рабочие могут вступить в сговор, чтобы поделиться некоторыми выгодами от продвижения по службе. Учитывать небольшой отдел с горсткой людей, которые знали друг друга и работали вместе годами. Может быть понимание, возможно негласно, что продвинутый работник будет относиться к другим с особая щедрость. Такое понимание эффективно снижает размер «приза», который сопровождает продвижение и может привести к некоторым самоуспокоенность со стороны всех.Встряска через перспективу внешнего найма может вызвать большие усилия. Напротив, в организации, в которых работники менее связаны лично, есть небольшой риск сговора и, следовательно, меньшая потребность во внешних найм.

Относительная привлекательность внутреннего найма с точки зрения работодателей увеличивается на более высоких уровнях работы иерархия.Потенциальная причина этого — большая неопределенность при выполнении внешнего найма. На низких уровнях иерархия должностей, плохой внешний найм неудобен, но не катастрофичен, тогда как плохой внешний найм на вершине иерархии может серьезно нанести ущерб организации.

Еще одна потенциальная причина Повышение привлекательности внутреннего найма на более высоких должностях происходит из стимулы.Внешние сотрудники, которые поступают на более низкие должности, пользуются возможностью многократных будущих рекламных акций для продвижения в компании, и это потенциал для карьерного роста достаточно привлекателен для работников, которые они готовы принять несколько более низкую компенсацию в обмен на Это. Напротив, внешние сотрудники, занимающие высокие должности, не имеют дальше идти в организации, потому что они уже рядом верх.Эти работники не желают соглашаться на более низкую компенсацию, потому что у них нет высокой вероятности многократных рекламных акций в будущем. В Короче говоря, нанятые извне на высокие должности рабочие дороже, чем нанятые извне на низкие должности, что может помочь объяснить, почему работодатели все чаще отдают предпочтение внутреннему найму на более высоких уровнях работы лестница.

Свидетельства о внутренних и внешних найма

Большая часть эмпирических исследований внутренний и внешний найм просто документирует их относительную распространенность, описывает, как наблюдаемые характеристики различаются между внутренними и внешних сотрудников и определяет типы фирм, которые склонны полагаться на в значительной степени на внутренний найм [6], [7], [8]. Доказательства охватывают разнообразие контекстов (разные страны, профессии и т. д.), и эти различия следует учитывать при выводах. Другой эмпирическое исследование предлагает доказательства за или против определенного теоретический прогноз, связанный с внутренним и внешним наймом.

Маршруты для въезда (и повторного входа) в фирмы и рабочие места

Свидетельства о маршрутах, по которым рабочие следуют ввод новых рабочих мест исходит из большого финского набора панельных данных (включая фирм и рабочих) на 1981–2012 гг. из Конфедерации финских Industries, центральная организация ассоциаций работодателей Финляндии [7].Обрабатывающая промышленность широко представлены. Данные включают 78 654 человеко-года. наблюдения за 55 103 отдельными лицами, работающими в 1 126 фирмах. За Например, человек, окончивший колледж в 1994 году и получивший первый работу в этом году и переход на новую работу в 2001 году внесут два наблюдения к выборке данных.

Данные показывают, что наиболее распространенный способ попасть на новую работу можно с помощью внешнего горизонтального перемещения, при котором работник меняет фирмы, но не уровни работы.На эти переезды приходится 33% новых рабочих мест. записи. Внешние горизонтальные движители могут испытывать или не испытывать изменение названия должности вместе с их переходом. Фактически, на просторах в большинстве случаев изменение должности не происходит. На финском данных, только около 15% внешних горизонтальных перемещений связаны с изменением название работы. Подразумевается, что когда работники переключают фирму на должности одного уровня в иерархии должностей, навыки, которые они приобретенные на своей первоначальной работе, в значительной степени сохраняются, потому что рабочий продолжает выполнять те же задачи после смены фирмы.

Второй и третий наиболее распространенные способы заполнение вакансии происходит внутреннее продвижение (25%) и внутреннее горизонтальное движется (27%). Внешнее продвижение по службе нечасто (4%). Внутреннее понижение составляют более 8% поступлений на новые рабочие места (или более 11%, если включены внешние понижения). Повторные абитуриенты (работники, ушедшие на работу для другой фирмы, а затем вернулись) составляют 12% внешних рекламных акций, 17% внешних горизонтальных переводов и 11% внешних понижения [7].

Из работников, оставшихся в прежнем состоянии фирма (и работа) в данном году, 15% имеют опыт работы переход в следующем году. Около 20% сотрудников, работающих внутри компании повышен за один год опыта некоторой дальнейшей смены работы в в следующем году. Этот процент аналогичен для внешних новобранцев, которые переезжают по горизонтали в данный год примерно на 18% [7].

История заданий и внутренняя или решение о внешнем найме

Данные по Финляндии показывают, что количество прежних названий должностей, количества предыдущих фирм и количества предыдущих все продвижение по службе ниже для сотрудников, продвигаемых внутри страны, чем для внешние сотрудники, которые перемещаются горизонтально. Однако средняя производительность труда (до перевода) выше для сотрудников, продвигаемых внутри страны [7].

Исследование с использованием данных датского реестра показывает, что наличие большего количества предыдущих должностей в одной фирме приводит к более высокой вероятности внутреннего продвижения до высшего руководителя позиция. Сравнение показывает постоянный уровень образования, пол, возраст, текущая профессия, срок пребывания в должности, общий стаж работы и общий количество ролей (внутренних и внешних) [9].Аналогичный результат найден для внешних сотрудников с большим внутренним опытом: количество предыдущих внутренних ролей увеличивает вероятность достижения внешнее продвижение на высшую руководящую должность. Таким образом, приобретая больший объем внутренних навыков улучшает перспективы работника продвижение как внутри компании, так и за ее пределами, по крайней мере, на высшем уровне уровень.

Внешний найм происходит на всех должностях уровень, но становится менее вероятным на высших позициях

Обычно данные показывают, что внешний и внутренний найм происходят на всех уровнях иерархии должностей, но что распространенность внутреннего найма увеличивается на более высоких уровнях, кульминацией является работа генерального директора, как отмечалось ранее. По финским данным, внутренние сотрудники составляют 19% от числа сотрудников пятого уровня должностей наверху, но 48% на вершине иерархии [10].Кроме того, связанные Панельные данные работника и фирмы из Швеции показывают, что внутренние рекламные акции или переводы используются для заполнения 43% должностей на самом низком из пяти должностей уровней, но 88% для самого высокого уровня должности [11].

Конкурсы предвзятого продвижения руководителей компаний: Ограничение возможностей внешних кандидатов

Одно теоретическое обоснование для внутренних найма заключается в том, что фирмы предвзято относятся к соревнованиям по продвижению (особенно на высшие звания организации) против внешних кандидатов, сохранить стимулы для внутренних кандидатов.Таким образом, внешние кандидаты принимаются на работу только тогда, когда они значительно лучше, чем инсайдеры. Факты неизменно показывают, что внешние сотрудники выглядят лучше на бумаге, чем внутренний найм [6], [7], [12]. Если внутренний и Внешние перспективы на бумаге выглядят одинаково, работодатели обычно идут на внутренний работник, то есть в записи внешнего заявителя должна быть большой запас превосходства для закрепления позиции. Этот результат соответствует тому, что внешние сотрудники сталкиваются с физическими недостатками при оценке наряду с внутренними работниками. По сравнению с внутренним наймом, внешний найм старше и имеют больший опыт и образование. (Теоретический Обоснование того, что внешние сотрудники имеют более сильные полномочия, чем инсайдеры представлены в [2] и [4].)

Доказательства инвалидности, наложенной на внешние кандидаты прибывают из выборки из 1035 смен генеральных директоров между 1974 и 1995 гг. В крупных фирмах США (Forbes 800) [3].Фирмы сильно отдают предпочтение внутренний найм руководителей. Исследование определяет внутренние рекламные акции как преемственности, в которой новый генеральный директор работал более года в той же фирмы до повышения до генерального директора. Внешние акции приходилось всего 187 из 1035 случаев (18%).

Исследование фокусируется на величине инвалидность, наложенная на внешних кандидатов, утверждая, что это должно быть самый высокий, когда внутренние кандидаты более сопоставимы друг с другом, когда внутренние кандидаты менее сопоставимы с внешними кандидатами, и когда есть больше внутренних кандидатов.Фирмы разделены на две категории в зависимости от того, есть ли у них «продукт или линейка организационная структура бизнеса »[3]. Если они это сделают, это интерпретируется как ситуация, в которой внутренние кандидаты более сопоставимы друг с другом. Показатель схожести фирм в отрасли используется для оценки сходства работников: если фирмы похожи, внутренние и внешние генеральные директора, вероятно, будут похожими. Основная идея заключается в том, что когда два фирмы в отрасли очень похожи, непредсказуемые события, которые влияют на одну, с большей вероятностью повлияют на другую, чем если бы две фирмы очень разные, и это соображение влияет на стратегии найма и следовательно, типы работников, которых нанимают фирмы. Наконец, фирмы с больше контролирующих сотрудников с большей вероятностью выберут инсайдера.Все три прогноза подтверждаются эмпирически, что согласуется с фирмы, препятствующие внешним кандидатам в конкурсах генеральных директоров.

Перспективы дальнейшего продвижения по службе

В случае найма внешних работников для данного уровень работы более высокого качества, чем у сотрудников, продвигаемых внутри страны. уровень работы, внешние сотрудники должны иметь более яркое продвижение по службе перспективы внутри фирмы.Доказательства по этому поводу получены из кадровые записи сотрудников одного финансового учреждения США из 1986–1994 [12]. Исследование показало, что если два работника, один нанятый извне, а другой продвинутый внутри компании, имеют одинаковый срок пребывания в должности и уровень обучения (измеряемый «рыночным зарплата »для рассматриваемой работы), наемный работник больше вероятно, получат повышение и испытают большее количество дальнейших Акции.Эти эффекты уменьшаются на более высоких уровнях работы.

Проблемы измерения соответствующих переменные, которые необходимо учитывать при проведении эмпирического сравнения между внутренними и внешними сотрудниками усложняют интерпретация результатов. Например, рабочие, которые были внешне горизонтально нанятые провели некоторое время на этом уровне работы на их исходная фирма, но данные охватывают только время, проведенное в новой фирме и не в предыдущем.Когда два работника, один внутренне продвинутый и другие нанятые извне, сравниваются в данных, их время в уровень должности можно точно измерить только для внутреннего работника. Таким образом, если предыдущая фирма предлагает больше шансов на продвижение по службе в будущем, это может отражать больший опыт работы на уровне внешних новобранец. Количество соответствующего опыта можно определить с помощью данных которые отслеживают сотрудников в разных компаниях, позволяя получать информацию из предыдущих работодатель соблюдать [7], [9], [10].

Предыдущее эмпирическое сравнение помогает чтобы различать конкурирующие теории. Обнаружение того внешнего у новобранцев лучшие перспективы продвижения по службе. внутренний найм для создания сильных стимулов для сотрудников фирмы, но не подразумевается другими теориями. Например, если происходит внутренний найм только из-за большего «внутреннего знания», которое дает внутренним сотрудникам преимущество в производительности по сравнению с внешними сотрудниками, это не должно означать лучшие перспективы продвижения по службе для внешних сотрудников.

Больше (и более «тяжелое дно») фирмы проводят больше внутреннего найма

Установленный эмпирический вывод состоит в том, что крупные фирмы чаще, чем мелкие, нанимают руководителей внутри компании. Данные из Великобритании подтверждают этот результат для неисполнительных директоров и далее показывает, что форма иерархии должностей имеет значение, а также количество рабочих.Компании с более тяжелой иерархией (с многие рабочие распределены на нижних уровнях иерархии должностей и немногие наверху) проявляют большую тенденцию к найму внутри компании [8].

Дополнение к политике обучения внутренний найм

Внутренняя политика найма может дополнять другие методы управления человеческими ресурсами, в частности связанные с поощрение длительного срока службы сотрудников.Естественный пример — обучение. Ключ Преимущество внутреннего найма в том, что нанятые внутри накопленные знания и навыки, которые особенно ценятся собственная фирма, но не у других. Некоторые из этих навыков можно получить результат политики обучения их фирм. Доказательства непротиворечивы с гипотезой, что политика обучения и внутренняя политика найма в некоторых фирмах дополняют друг друга.Свидетельства из поперечного сечения 2004 г. Британские заведения показывают, что более крупные работодатели с более низкими доходами чаще полагались на внутреннюю политику найма и, одновременно, чтобы сделать больше тренировок [8].

Поощрения работников обеспечивают дополнительную обоснование позитивной взаимосвязи между внутренним наймом и обучение персонала. Ограничение соревнований по продвижению полностью или в основном только инсайдеры создают стимулы для усердной работы, так как немного дополнительных усилий приводит к значительному увеличению шансов продвижения по службе, если работник конкурируют только с другими инсайдерами.Та же логика, что и усилие также относится к обучению. По крайней мере, некоторые из тренировок фокусируются на навыки, которые ценны в текущей фирме, но это было бы меньше так в другом месте. Если у фирмы есть политика найма в основном инсайдеров, это создает у рабочих сильный стимул для прохождения такого обучения, потому что рабочие знают, что такие усилия имеют больше шансов быть награжден внутренней повышением.В этом контексте обучение возможности — это, по крайней мере частично, инвестиции, которые работники вкладывают в повысить свои карьерные перспективы в будущем.

Влияние промышленного сектора и должность по внутреннему найму

Эмпирические данные о влиянии конкретные отрасли промышленности на внутреннем найме предоставляется путем анализа выборки промышленных предприятий Испании, обследованных в 1997 г. [13].Опрошенная группа была репрезентативная выборка из более чем 6000 испанских заводов-производителей с 50 или более работниками в десятке секторов. Полезная информация была получено с 653 растений.

Отраслевые категории, выставляющие наибольшее использование внутренней рекламы было текстилем; шитье, кожа, и обувь; дерево и пробка; бумага, издательское дело и графика; металлургия и машиностроение; и остаточная группа называется «различные обрабатывающие отрасли».»Те, кто демонстрирует меньше всего внутренним продвижением были химикаты, машины и механические оборудование и неметаллические минеральные продукты.

В финском наборе панельных данных для 1981–2012 гг., Распределение вероятностей внутренних продвижение в следующем году значительно отличается от внешнего горизонтальное перемещение [7]. Эти различия показаны на рисунке 1.

Ограничение эмпирического исследования внутренняя и внешняя политика найма заключается в том, что трудно получить четкую ощущение последствий этой политики без чего-то похожего на научный эксперимент. Такой эксперимент было бы очень сложно спланировать. или идентифицировать (например, организовать для фирмы резкий переход от от внешней политики найма к внутренней политике найма или наоборот).

Чтобы оценить трудности, противопоставить внутренняя и внешняя политика найма с политикой поощрительной оплаты (например, переход с почасовой оплаты труда на сдельную, изменение щедрости существующей сдельной ставки, или переход с индивидуальной на командную бонусы). Компенсационную политику легко и точно измерить; либо фирма использует или не использует поощрительную оплату для определенной группы работников, и если она действительно, сроки плана можно легко измерить.Но труднее определить внутреннюю политику найма. Большинство фирм используют сочетание внутренних и внешний найм, и даже внутри фирмы могут быть значительные различия в степени внутреннего найма на разные должности, как предлагается на рисунке 1.

Можно подумать о внутренней политике найма как система, препятствующая принятию решений о приеме на работу в пользу инсайдеров.Но насколько сильной должна быть предвзятость, чтобы можно было сказать, что фирма использует внутренняя политика найма? Более того, фирмы редко делают резкие, драматические изменения в степени их предпочтения инсайдеров, в то время как резкие и серьезные изменения в стимулирующих выплатах и ​​других компенсационных политиках не необычный.

По этим причинам эмпирические исследования выявили организационные последствия различных изменений в система компенсации (особенно с поощрительными выплатами), но имеет не смогли использовать аналогичные методологии в области внутренних и внешний найм.

Дальнейшее ограничение исследований по этому Темой является то, что эмпирические исследования мало что показали об относительной важность различных мотивов внутреннего найма. Несколько теоретических были представлены аргументы для рационализации внутренней политики найма, но их относительная важность остается открытым эмпирическим вопросом. Более того, это можно ожидать, что множественные мотивы для внутренней политики найма могут применяться одновременно.

Свидетельства из различных эмпирических контекстов постоянно демонстрирует предвзятость при приеме на работу в пользу инсайдеров, которая усиливается на более высокие уровни иерархии должностей. Доказательства менее ясны относительная важность мотивации внутреннего найма, которая была предложено в теоретической работе. Можно ожидать, что эти мотивы будут отличаться характеристики фирмы и должности, так что правильная стратегия для конкретного фирма зависит от контекста и ситуации.Таким образом, люди, обвиняемые в при разработке стратегии найма для своей фирмы следует учитывать, что значительная неоднородность стратегий найма по отраслям и должностям тип.

Тем не менее, некоторые общие принципы могут быть предложенный. Относительная ценность внутреннего найма выше, когда фирмы полагаются на сильно зависит от рекламных акций (в отличие от других политик, таких как поощрение компенсация) для мотивации работников и когда специализированные знания и навыки которые относятся в основном к рассматриваемой фирме (и менее ценны в другом месте) имеют решающее значение для производительности.

Меньшая неопределенность производительность внутреннего найма, чем внешнего. Таким образом, внешние сотрудники склонны иметь больший потенциал роста, но также и потенциал снижения. В стоимость большой ошибки при найме, таким образом, ложится на внутреннее или внешнее решение о найме. Кратковременные неудобства наем секретаря, неподходящего для работы, довольно легко исправить, но некомпетентный генеральный директор, нанятый извне, может нанести огромный ущерб.Поэтому работодатели должны учитывать, насколько устойчивой будет организация. относиться к расходам, связанным с плохим наймом.

Данные свидетельствуют о том, что эффективность внутренний или внешний найм зависит от других действующих политик. Фирмы которые вкладывают значительные средства в набор и отбор персонала или пытаются укомплектовать персонал рабочие места, на которых можно быстро оценить производительность соискателей и надежно (например, вакансии в оркестре) могут найти сторонний найм привлекательный.Другими словами, фирмы, которые сильно полагаются на внешний найм следует рассмотреть возможность интенсивного инвестирования в набор и отбор действия по отсеиванию плохих сотрудников, которые, скорее всего, не внешний набор.

Организации, которые хотят в значительной степени полагаться на перспективы продвижения по службе как способ мотивации работников должны быть особенно чувствительны к потенциальной возможности внешнего найма подорвать стимулы.это хорошо известно, что открытие поля для посторонних ведет к более ожесточенным конкуренции и дает инсайдерам меньше шансов на победу в акции. Но недавние данные показывают, что для инсайдеров дела обстоят еще хуже, потому что игровое поле не ровное. Инсайдеры конкурируют не с коллегами из внешние фирмы, а с внешними работниками, которые «на один уровень выше», большинство из которых действительно уже занимают ту же должность, что и инсайдер стремится к продвижению по службе.Это новое свидетельство предполагает, что открытие конкурентное поле для внешних кандидатов может быть более разрушительным для внутренних стимулы, чем предполагалось ранее. Работодатели потенциально могут уменьшить этот ущерб из-за смещения конкурсов по продвижению в пользу инсайдеров или за счет увеличения частоты внешних рекламных акций относительно внешних горизонтальные ходы.

Последнее слово политического совета касается момент, который часто упускают из виду.Следует принимать внутренние решения о найме с тщательным рассмотрением их последствий в других местах работы лестница, особенно на нижних уровнях. Когда вакансия заполняется внутреннее продвижение, штат фирмы сокращается на одну или на секунду вакансия создается, так что последовательность внутренних рекламных акций создает каскад вакансий вниз по служебной лестнице. Хотя последовательность новых вакансии имеют то преимущество, что создают стимулы для всех рядов организации, есть четкие расходы, связанные с новыми вакансиями.Продвижение некоторые работники могут быть непривлекательными, потому что они просто слишком хороши в их нынешней работе, чтобы вытащить их из этого явления, известного как «Putt’s Закон »[5]. Величайший главный финансовый чиновник (финансовый директор) в истории фирмы может быть вознагражден повышением до генерального директора, но затем фирма потеряла величайшего финансового директора в своей истории. Связанный момент касается взаимодополняемости в условиях, где важна командная работа; внутреннее продвижение может подорвать высокопроизводительную команду, удалив один из его ключевых членов.

Проект IZA World of Labor придерживается Кодекса поведения IZA. Автор заявляет, что соблюдал принципы изложены в кодексе.

Организационное развитие с полной занятостью 105000 долларов США, трудоустройство в Хьюстоне, Техас